一、 linux如何安裝軟件？
conda-“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版-miniconda
（1）查看服務(wù)器系統(tǒng)版本是多少位
bio07@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
（2）清華大學(xué)開源軟件鏡像站 下載miniconda
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注意下載最新版本sh潦牛，sh是腳本（就是一個(gè)程序巴碗，后臺(tái)的代碼）文件的后綴橡淆，也就是說其實(shí)這是一個(gè)下載的腳本母赵。
- 安裝和配置miniconda
## 安裝miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ## 一路 yes 或 enter
安裝成功
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激活軟件
source ~/.bashrc ## 激活conda
conda ## 出現(xiàn)信息為安裝成功
添加鏡像
## 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 使用miniconda师倔，也就是查看已安裝的軟件趋艘、安裝凶朗、卸載（生信需要的）軟件，我們以fastqc為例
(1) 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 conda list
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(2) 安裝軟件 fastqc
conda fastqc0.11.7 -y ##y是在安裝過程中均回答yes
(3) 確認(rèn)軟件是否安裝成功
fastqc --help ##調(diào)出幫助文檔
(4) 卸載軟件
conda remove fastqc -y
- 不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目搓萧，需要定制conda的分身瘸洛。
conda環(huán)境 需要分析轉(zhuǎn)錄組反肋、基因組組裝斯够、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件抓督，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的铃在，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本阳液，怎么辦揣炕？按照你的項(xiàng)目，定制不同的分身鹰溜，安裝不同的軟件曹动，互不干擾牲览。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”
(1) 查看當(dāng)前環(huán)境
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(2) 新建conda環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ## 創(chuàng)建名為rnaseq的環(huán)境
# To activate this environment, use
conda activate rna-seq
# To deactivate an active environment, use
conda deactivate
conda info --envs ## 查看環(huán)境
control+c 終止命令
Mac用戶cmd+c復(fù)制第献，cmd+v
