裝包是件苦差事（至少在你沒有明確的思路以前）兵琳。
裝包時，通城。可以搜索一下包名，就能得到常規(guī)的安裝命令以完成安裝（這些命令通常位于github,bioconductor,cran之類的地方）钱烟。如果常規(guī)的安裝命令無效，則可以考慮以下幾種方案：
（友情提示拴袭，不管是哪種途徑裝包，裝完都要library檢驗哦Ｓ悼獭）
1.網(wǎng)絡(luò)問題（有timeout字樣出現(xiàn)）-調(diào)整時間，更換鏡像
調(diào)整時間般哼，防止R自動中止下載：
options(timeout=100000)
更換鏡像：
? ? ? ? 方法①：直接點(diǎn)擊Rstudio界面的tools-global options-packages，這里會有一個包含mirror(鏡像)字樣的選項漾橙，更改至國內(nèi)的鏡像即可楞卡。?
? ? ? ? 方法②：代碼
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))#此為中科大cran鏡像，清華bioconductor鏡像為#options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
注意蒋腮，此方法只能使用一個鏡像（cran或bioconductor），不要選錯案淋！
2.包屬于github包--手動下載
github包在國內(nèi)一般無法直接下載险绘，需要參考教程踢京，下載zip或者其他途徑下載（可bing宦棺，已經(jīng)有完整教程）
3.老是報各種打不開url的神奇錯誤--別猶豫了，手動裝包蹈丸！
不要想著有warning或者error就一定要把它修好，裝包這事兒逻杖，有時候報錯怎么樣都修不好思瘟。手動安裝在這種情況下最節(jié)省時間。
bioconductor--手動裝包
在bioconductor官網(wǎng)（Bioconductor - Home）搜索包名--下載zip文件
記住下載地址，在rstuodio打開packages界面爆雹，點(diǎn)擊install，按照下載地址找到zip就好顶别。
在下載包時間過長時也可以考慮直接手動裝包拒啰，手動裝包速度比等等等快10000%
4.連手動裝包都還是可勁兒報錯/報錯空間不足
例子：安裝reactome.db包（使用bioconductor:install和手動都報如下錯誤）
Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
? download from 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/reactome.db_1.82.0.tar.gz' failed
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,? :
? 下載程序包‘reactome.db’時出了問題
Installation paths not writeable, unable to update packages
? path: C:/Program Files/R/R-4.2.1/library”
這是由于包的下載路徑在C盤導(dǎo)致的完慧。推薦在開始就把R包安裝路徑設(shè)置到別的盤；如果想更改册着，在目標(biāo)盤下載一個同版本的R脾歧，使用lib.path()找到R包安裝路徑甲捏，把路徑下所有包遷移過去（復(fù)制或剪切）鞭执，再使用lib.path("內(nèi)寫新的安裝路徑")改變R包下載的默認(rèn)位置即可。
