一圖一表帶你玩轉(zhuǎn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)

空間組學(xué)的發(fā)展

? ? ? ?盤(pán)古一劃開(kāi)天地立磁,頂天立地幻化時(shí)空萬(wàn)物挽拂。在物質(zhì)的相互作用中渠抹,生命開(kāi)始孕育。有區(qū)室化類(lèi)細(xì)胞結(jié)構(gòu)的形成標(biāo)志著細(xì)胞的起源葬项,以往蕩漾在混沌之湯中的生物大分子被賦予更精準(zhǔn)的職能泞当。從個(gè)體集結(jié)到群體迹蛤,從共性分化至個(gè)性民珍,生物分子以獨(dú)特空間結(jié)構(gòu)組合構(gòu)成精巧的具備不同功能與形態(tài)的生命體,進(jìn)一步互通有無(wú)盗飒,萬(wàn)物交融嚷量,賦予生命絢爛多姿。

? ? ? 大多研究方法以組織或細(xì)胞或單分子為單位將各組分從研究對(duì)象中提取出來(lái)進(jìn)行單因素研究逆趣。但個(gè)體功能機(jī)制的形成往往涉及多細(xì)胞(不同類(lèi)型不同狀態(tài)的細(xì)胞)蝶溶、多層面(基因、轉(zhuǎn)錄物宣渗、蛋白抖所、代謝物、表觀修飾痕囱、環(huán)境等)的因素影響田轧,最終我們要將各組分放回到它原本的位置中,以高保真的還原這些瞬時(shí)分子事件鞍恢,分子空間標(biāo)記技術(shù)將使這些攜帶體外索引標(biāo)簽的生物大分子眼見(jiàn)為實(shí)傻粘。1969年放射性原位雜交技術(shù)首次被用于爪蟾卵母細(xì)胞的rRNA和DNA可視化,然而傳統(tǒng)的DNA帮掉、RNA FISH及免疫熒光的檢測(cè)通量受限于熒光基團(tuán)的選擇弦悉。

? ? ? 如何將高通量測(cè)序獲得的信息與其特征空間位置關(guān)聯(lián)起來(lái)是近年來(lái)科研者們共同努力的方向,人類(lèi)細(xì)胞圖譜計(jì)劃的提出使空間轉(zhuǎn)錄組成為炙手可熱的新型前沿技術(shù)蟆炊。在1996年能與一代測(cè)序聯(lián)合使用的激光顯微切割(LCM)系統(tǒng)被報(bào)道稽莉,并且很快商品化。在1995年固相cDNA微陣列捕獲技術(shù)首次報(bào)道涩搓,而后這種技術(shù)以另一種形式被應(yīng)用于當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)中肩祥,如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)、 10X Visium缩膝、Slide-seq及Stereo-seq混狠。

空間組學(xué)哪家強(qiáng)

現(xiàn)行的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)主要有3個(gè)研究方向,結(jié)合下一代測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組序列原位雜交的技術(shù)原位測(cè)序技術(shù)疾层,各類(lèi)方法具有其優(yōu)缺點(diǎn)及組織適應(yīng)性(圖1)将饺。

圖1.?三種空間組學(xué)技術(shù)流派

(A)基于下一代測(cè)序方法的示意圖;(B)序列雜交方法示意圖;(C)原位測(cè)序方法示意圖予弧。

上述詳述的空間轉(zhuǎn)錄組方法特點(diǎn)匯總?cè)缦卤硭荆?/p>

1.?空間轉(zhuǎn)錄組方法對(duì)比

隨著超分辨顯微成像技術(shù)的發(fā)展各類(lèi)以多輪序列成像來(lái)實(shí)現(xiàn)高通量單分子編碼的新型原位雜交技術(shù)興起刮吧,它包含smFISH、seqFISH掖蛤、MERFISH杀捻、ISS等◎就ィ空間組學(xué)技術(shù)彌補(bǔ)了單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)缺乏空間位置信息的不足致讥,實(shí)現(xiàn)了空間組織上高通量分子表達(dá)模式的原位可視化。

? 整明白了吧器赞!

? 那么問(wèn)題又來(lái)了垢袱!

枝上柳綿吹又少,科研燒發(fā)何時(shí)了港柜?工作匯報(bào)師怒嚎请契,卷我額上三重毛!何解夏醉?空轉(zhuǎn)方法多又好爽锥,哪款合適性價(jià)比高?

下回告訴你一個(gè)經(jīng)濟(jì)實(shí)惠畔柔,又能獲得大視場(chǎng)氯夷、單細(xì)胞分辨率的空間細(xì)胞圖譜的方法。值得期待哦释树!

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