單細(xì)胞擬時(shí)分析：基因及通路隨擬時(shí)表達(dá)變化趨勢(shì) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
文章鏈接早期復(fù)發(fā)性肝細(xì)胞癌生態(tài)系統(tǒng)的單細(xì)胞景觀 - ScienceDirect
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析揭示了肝星狀細(xì)胞體外活化過(guò)程中的新細(xì)胞狀態(tài)和切換基因 - PubMed (nih.gov)
背景： 肝星狀細(xì)胞（HSC）向肌成纖維細(xì)胞的轉(zhuǎn)化是肝纖維化過(guò)程中的關(guān)鍵事件熔掺。然而渣慕，HSC到肌成纖維細(xì)胞轉(zhuǎn)化的分化軌跡以及在此過(guò)程中的轉(zhuǎn)換基因仍不清楚训裆。
方法： 應(yīng)用單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)在體外重建HSC轉(zhuǎn)分化的單譜系偽時(shí)間軌跡，并分析沿軌跡的基因表達(dá)模式豺谈。GeneSwitch用于鑒定HSC激活過(guò)程中關(guān)鍵基因表達(dá)和功能事件的順序。
結(jié)果： 在HSC激活過(guò)程中發(fā)現(xiàn)了一種新的細(xì)胞狀態(tài)贡这，屬于這種狀態(tài)的HSC可能是癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞（CAF）的重要起源茬末。將單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)與GeneSwitch分析相結(jié)合，我們分別確定了HSC新狀態(tài)和經(jīng)典培養(yǎng)激活HSC的一些不同轉(zhuǎn)換基因以及這些轉(zhuǎn)換發(fā)生的順序盖矫±霾眩基于頂級(jí)轉(zhuǎn)換基因，我們建立了一個(gè)四基因組合辈双，在預(yù)測(cè)非酒精性脂肪性肝餐赂（NAFLD）或乙型肝炎（HBV）患者的晚期肝纖維化方面表現(xiàn)出很高的診斷準(zhǔn)確性。
結(jié)論： 我們的研究揭示了HSC激活過(guò)程中可能與CAF相關(guān)的新細(xì)胞狀態(tài)辐马，并確定了可能在HSC轉(zhuǎn)分化中起關(guān)鍵作用的切換基因，并可作為慢性肝病患者晚期纖維化的預(yù)測(cè)標(biāo)志物局义。
