MapQTL是一款用于分析二倍體物種實驗群體中數量性狀位點(QTL)的Windows計算機程序应民，對于用戶比較友好话原，更加便于使用。通過QTL分析诲锹，可以檢測基因組上負責所研究數量性狀表型變異的區(qū)域繁仁，估計相關的基因型效應，并以表格和(可調的)圖表的形式呈現分析結果归园。
官網：https://www.kyazma.nl/index.php/MapQTL/
MapQTL支持的群體類型非常多黄虱，包括：BC1，F2庸诱，RIL捻浦，DH，CP桥爽，BCpxFy朱灿，IMxFy，DH2等钠四。分析方法包含IM盗扒，MQM（=CIM）等，可以根據自己的數據需求進行選擇缀去。
沒有付費的版本只可以分析兩個連鎖群侣灶、兩個性狀，也不可以導出結果缕碎，不可以復制炫隶。
1.準備輸入數據
在官方的安裝包里，提供了各種群體的輸入文件示例阎曹，本篇文章以CP群體為例伪阶。必要的數據文件有三個，標記數據（.loc）处嫌，圖譜（.map）和表型（.qua）栅贴。MapQTL和joinmap是同一家開發(fā)的，文件格式通用熏迹，可以直接將joinmap中的.loc和.map帶入到軟件中進行計算檐薯，省去了輸入文件整理的繁瑣。
1.1標記數據
前四行為數據的整體介紹，“=”前是固定內容坛缕，后為自己填寫的內容墓猎。正文每一行為一個標記，每一列為一個個體赚楚。
1.2圖譜.map
.map文件中為連鎖群劃分的信息毙沾，按連鎖群排列，第一列為標記宠页，第二列為position左胞。標記順序要與.loc中一致。
1.3表型.qua
前三行為基本介紹举户，同.loc烤宙，個體數目，表型數目俭嘁，缺失值表示方法躺枕，每一列為一個表型，trait_1供填，trait_2拐云，trait_3……，樣本的順序要與.loc一致捕虽。
要注意.loc和.qua中的個體排列順序要一致，文件名前綴要一致坡脐，否則會報錯泄私。
2.導入輸入數據
也不知道最多能導入多少標記，我自己的數據1w多標記备闲，在導入最后一步.map的時候軟件會崩晌端，所以最后把標記分成了兩部分，分開來跑恬砂。
①新建項目：File——New Project
②導入標記：File——Load Data咧纠，選擇.loc文件
③導入表型數據：再次File——Load Data，選擇.qua文件
④導入圖譜數據：第三次File——Load Data泻骤，選擇.map文件
導入成功后漆羔，可以看到所有文件的基本信息：
3.QTL定位
①右鍵點擊Populations下的性狀，選擇分析所有性狀狱掂，此時性狀下會有紅色高亮演痒。
②鼠標右鍵單機Maps下的連鎖群信息，選中后紅色高亮
③菜單下選擇QTL定位方法澎现，此處以MQM為例
④在工具欄中單擊計算按鈕牡整，進行QTL定位
4.結果導出
運算完成后或粮，點擊左側性狀名稱躬窜，在右側Results下可以查看定位結果讯嫂，包括連鎖群蹦锋、位置、標記名稱欧芽、LOD值莉掂、貢獻率等。點擊LOD可進行升序或降序的排列渐裸，從而篩選QTL巫湘。
付費版可直接將結果導出，工具欄昏鹃，導出按鈕尚氛。
結果生成的圖形，也可以直接進行查看洞渤，勾選想要看到的信息阅嘶，然后再Charts中查看圖形。
引用轉載請注明出處载迄，如有錯誤敬請指出讯柔。
