這一次我們來(lái)分享一下單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的軟件STRIDE蝗羊，文章在STRIDE: accurately decomposing and integrating spatial transcriptomics using single cell RNA sequencing，大家可以看看褐啡，關(guān)于單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的方法分享了很多了，這是第八個(gè)方法玉锌，我們來(lái)看看有什么好的地方抢肛。
Spatial TRanscrIptomics DEconvolution by Topic Model (STRIDE) 是一種計(jì)算方法，可利用從單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)訓(xùn)練的topic profiles從空間SPOT中分解細(xì)胞類型霜大。 除了細(xì)胞類型組成反卷積构哺，STRIDE 還提供了幾個(gè)下游分析功能，包括（1）特征（即主題）檢測(cè)和可視化战坤，（2）基于鄰域細(xì)胞群的空間聚類和域識(shí)別以及（3）從同一組織的連續(xù) ST 載玻片重建三維結(jié)構(gòu)曙强。（看來(lái)有三維構(gòu)建的能力，很不錯(cuò),而且是一個(gè)集成軟件）途茫。
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來(lái)看看示例（人類心臟發(fā)育的數(shù)據(jù)）
Step 1 Deconvolve the cell-type composition of ST data
這里使用 6.5 PCW scRNA-seq 數(shù)據(jù)作為參考碟嘴，對(duì)不同時(shí)間點(diǎn)的 ST 數(shù)據(jù)進(jìn)行反卷積。 在本例中囊卜，scRNA-seq 和合并的 ST 計(jì)數(shù)矩陣以 10X HDF5 格式存儲(chǔ)娜扇。 我們還為 STRIDE 提供了自定義標(biāo)記基因列表，以在區(qū)分相似細(xì)胞類型方面取得更好的性能栅组。 準(zhǔn)備好所有數(shù)據(jù)后雀瓢，我們使用 STRIDE 去卷積來(lái)區(qū)分 ST 數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型組成。
STRIDE deconvolve --sc-count Data/Human_heart_scRNA_gene_count.h5 \
--sc-celltype Data/Human_heart_scRNA_celltype_curated.txt \
--gene-use Data/Human_heart_scRNA_markers.txt \
--st-count Data/Human_heart_ST_gene_count.h5 \
--outdir Result/STRIDE --outprefix Human_heart --normalize
Step 2 Visualize the deconvolution result(很漂亮)
After cell type deconvolution, STRIDE plot could be used to visualize the deconvolution result. Users can specify the sample of interest by setting --sample-id. Here we use sample 9 as an example.
STRIDE plot --deconv-file Result/STRIDE/Human_heart_spot_celltype_frac.txt \
--st-loc Data/Human_heart_ST_location.txt --sample-id 9 \
--plot-type scatterpie --pt-size 12 \
--outdir Result/STRIDE --outprefix Human_heart_S9
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Step 3 Identify spatial domains
STRIDE 可以通過(guò)結(jié)合鄰域信息和cell類型反卷積結(jié)果來(lái)進(jìn)一步識(shí)別空間域玉掸。 具有相似細(xì)胞類型組成和相似周圍細(xì)胞群的位置將聚集在一起刃麸。 此外，可以指定他們想要對(duì)其執(zhí)行空間聚類的樣本司浪。 （這個(gè)地方也是進(jìn)步的一點(diǎn)泊业，聚類得到了最大程度的優(yōu)化）。
STRIDE cluster --deconv-file Result/STRIDE/Human_heart_spot_celltype_frac.txt \
--st-loc Data/Human_heart_ST_location.txt --sample-id 9 \
--plot --pt-size 11 \
--weight 0.5 --ncluster 4 \
--outdir Result/STRIDE --outprefix Human_heart_S9
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Step 4 Reconstruct the three-dimensional model of the human heart by slide integration
STRIDE integrate --deconv-file Result/STRIDE/Human_heart_spot_celltype_frac.txt \
--sample-id 8 9 10 --topic-file Result/STRIDE/Human_heart_topic_spot_mat_26.txt \
--st-loc Data/Human_heart_ST_location.txt \
--plot --pt-size 4.5 \
--outdir Result/STRIDE --outprefix Human_heart_6.5PCW
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方法簡(jiǎn)單而且不錯(cuò)啊易，值得學(xué)習(xí)和分析脱吱。
生活很好，有你更好
