三年過去篷朵，我們更新了至少300個(gè)版本，盡管現(xiàn)在標(biāo)簽只是 TBtools v1.110糠聪。今天除夕荒椭，給大伙送一個(gè)新春大禮包，TBtools 主程序新功能舰蟆，「PPI Predict」趣惠，可以讓任何朋友一鍵化預(yù)測(cè)本物種的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)狸棍。
界面介紹
由上圖可以看出，一共需要三個(gè)輸入：
- 感興趣物種的代表性轉(zhuǎn)錄本蛋白序列全集（所有基因味悄，每個(gè)基因一個(gè)蛋白序列）
- 參考物種的代表性蛋白序列集合（直接從 String-db 網(wǎng)站下載草戈，下述介紹）
- 參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系（直接從 String-db 網(wǎng)站下載，下述介紹）
第一個(gè)代表性轉(zhuǎn)錄本蛋白序列全集侍瑟，使用 TBtools 的一個(gè)功能就可以快速完成
另外兩個(gè)文件猾瘸，進(jìn)入 String-db 網(wǎng)站下載即可。
https://cn.string-db.org/
進(jìn)入 Download 界面
用戶需要按照自己的研究物種選擇丢习，一般單子葉植物選擇水稻牵触，雙子葉植物選擇擬南芥，不過幾乎所有植物都可以直接參考擬南芥咐低；對(duì)于動(dòng)物或者其他揽思，大伙自行選擇。
隨后直接下載對(duì)應(yīng)兩個(gè)文件即可
于是我們得到結(jié)果如下
一鍵預(yù)測(cè)物種蛋白互作網(wǎng)絡(luò) PPI
直接打開 TBtools PPI Predict 功能
按照界面提示信息见擦，設(shè)置輸入文件钉汗，設(shè)置工作目錄即可
點(diǎn)擊 Start ，等待即可鲤屡，由于涉及到兩個(gè)蛋白序列全集（30000*30000個(gè)蛋白的比對(duì)）损痰，一般電腦或者筆記本估計(jì)要跑一天或者半天（看CPU....）。
結(jié)果文件說明
工作目錄會(huì)生成多個(gè)文件酒来，用戶一般只需要關(guān)注 .PPI.predict.tab 文件
輸出文件可以直接用于過濾或者可視化卢未，比如使用 cytoscape
當(dāng)然，我們可以自行美化這個(gè)圖稿堰汉，或者調(diào)整輸入辽社，使得好看。
寫在最后
2023年01月21日翘鸭，除夕滴铅，提前祝大伙新春大吉，萬事如意就乓！
新的一年汉匙，希望 TBtools 的開發(fā)能得到更多人的支持，對(duì)應(yīng)的也讓更多的朋友可以了解到 TBtools 生蚁，并加速科研工作噩翠。
同時(shí)，歡迎更多朋友參與到插件開發(fā)守伸，包括 R-plugin 也包括 CLI Plugin绎秒。
