Summary
String數(shù)據(jù)庫(kù):?https://www.string-db.org
是研究網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)中蛋白質(zhì)相互作用的一個(gè)常用數(shù)據(jù)庫(kù)苛让，截止今天，已經(jīng)更新到11.0版本春锋。
整個(gè)網(wǎng)頁(yè)界面清爽矫膨，簡(jiǎn)潔，很易上手期奔。左側(cè)導(dǎo)航欄為我們提供多種檢索方式侧馅，可以按照單個(gè)蛋白名稱，序列呐萌，也可以按照多個(gè)蛋白名稱及序列馁痴。
接下來(lái)，我們通過(guò)示例去體驗(yàn)下String數(shù)據(jù)庫(kù)檢索蛋白交互關(guān)系操作流程肺孤。這里罗晕，我們將使用“Multiple proteins”，對(duì)多個(gè)蛋白進(jìn)行檢索其交互關(guān)系赠堵。首先在右側(cè)“List of Names”中將多個(gè)名稱輸入小渊，這里如果數(shù)目太多，我們可以通過(guò)文件格式上傳茫叭，“Organism”輸入你所檢索對(duì)應(yīng)的物種酬屉，這里我們選擇人“Homo”,點(diǎn)擊“SEARCH”。跳出來(lái)的頁(yè)面有對(duì)檢索的蛋白逐條描述，點(diǎn)擊“Continue”,則會(huì)跳出PPI網(wǎng)絡(luò)呐萨。
點(diǎn)擊“Analysis”,我們可以看到該P(yáng)PI信息杀饵，包括多少節(jié)點(diǎn)，多少邊谬擦，以及對(duì)應(yīng)的GO和KEGG切距。
我們可以通過(guò)“Exports”將我們的結(jié)果導(dǎo)出，可以導(dǎo)出圖片以及表格等格式惨远。這里我們點(diǎn)擊第一個(gè)或第二個(gè)谜悟，導(dǎo)出圖片格式，同時(shí)我們點(diǎn)擊第四條锨络，導(dǎo)出TSV文件赌躺，接下來(lái)我們用該表格文件，導(dǎo)入Cytoscape軟件中進(jìn)行分析羡儿，預(yù)測(cè)高關(guān)聯(lián)的目標(biāo)分子礼患。
點(diǎn)擊“File”，“Import”掠归，導(dǎo)入我們通過(guò)String數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的PPI.TSV缅叠。跳出如下界面，包含node1?和node 2虏冻，點(diǎn)擊“OK”肤粱。
利用插件，如“cytoHubba”計(jì)算得分厨相，如根據(jù)“MCC”得分排列领曼，選前幾個(gè)關(guān)聯(lián)度高的節(jié)點(diǎn)作為你的目標(biāo)分子。
點(diǎn)擊“submit”后蛮穿，右側(cè)則顯示按照你的要求重新形成的PPI網(wǎng)絡(luò)庶骄，點(diǎn)擊“EXPORT”圖標(biāo)，則可以保存該圖片践磅。
好了单刁，今天的介紹就到此了，總體String數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)潔明了府适，很容易上手羔飞。
