這次分享一下簡單的生信數(shù)據(jù)挖掘發(fā)文思路丑搔，文章發(fā)表在Biomed Research International上厦瓢，該期刊的影響因子：2.276，中科院分區(qū)：4區(qū)啤月，參考范文出處：PMID: 33282948（DOI: 10.1155/2020/4625123）煮仇。
分析思路：
1、從GEO數(shù)據(jù)庫中輸入關(guān)鍵詞谎仲，然后一共找到兩套數(shù)據(jù)浙垫，分別使用GEO2R工具進(jìn)行差異分析，將兩套數(shù)據(jù)得到的差異基因取交集繪制韋恩圖（區(qū)分上下調(diào)）
2、分別使用上下調(diào)差異基因進(jìn)行GO富集分析（范文使用DAVID數(shù)據(jù)庫夹姥，很多人嫌棄這個(gè)數(shù)據(jù)庫更新慢都不使用了而是使用相關(guān)R包進(jìn)行分析）
3杉武、分別使用上下調(diào)差異基因進(jìn)行KEGG富集分析（范文使用DAVID數(shù)據(jù)庫，很多人嫌棄這個(gè)數(shù)據(jù)庫更新慢都不使用了而是使用相關(guān)R包進(jìn)行分析）
4辙售、使用差異基因構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)并且篩選出重要的子網(wǎng)絡(luò)轻抱，一共包含64個(gè)關(guān)鍵基因（String數(shù)據(jù)庫構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，Cytoscape 進(jìn)行可視化旦部，?MCODE插件篩選子網(wǎng)絡(luò)）
5祈搜、使用UALCAN在線工具對(duì)64個(gè)關(guān)鍵基因進(jìn)行生存分析，一共發(fā)現(xiàn)14個(gè)基因有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義
6志鹃、使用GEPIA在線工具驗(yàn)證上述得到14個(gè)基因的表達(dá)情況
7夭问、使用14個(gè)基因重新進(jìn)行KEGG富集分析，發(fā)現(xiàn)有三個(gè)基因（TTK曹铃、CDC25缰趋、ESPL1）明顯集中在細(xì)胞周期途徑中，將這三個(gè)基因定為值得深入研究的基因
8陕见、對(duì)這三個(gè)TTK秘血、CDC25、ESPL1進(jìn)行表達(dá)與臨床因素的相關(guān)性分析（使用UCSC Xena網(wǎng)站的數(shù)據(jù)）评甜，并且重新進(jìn)行生存分析（使用cBioPortal網(wǎng)站的數(shù)據(jù)）
這篇范文一共做了上面這些內(nèi)容灰粮，其實(shí)還可以加入很多值得研究的內(nèi)容，例如有科研經(jīng)費(fèi)的朋友可以對(duì)TTK忍坷、CDC25粘舟、ESPL1三個(gè)基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。如果沒有科研經(jīng)費(fèi)佩研，也沒有關(guān)系柑肴，可以使用TCGA數(shù)據(jù)對(duì)TTK、CDC25旬薯、ESPL1三個(gè)基因構(gòu)建Cox回歸模型晰骑，計(jì)算Risk score、繪制列線圖等绊序，此外還可以結(jié)合研究熱點(diǎn)免疫評(píng)分進(jìn)行研究硕舆。
