接上面的帖子（一）
====對于特定的蛋白對象添加相應(yīng)的label===
選擇需要Label的對象 | 然后點擊對象上的L按鈕，根據(jù)需要检柬，可以標記殘基的名字雳攘，原子的名字智末，范德華半徑、元素的名字等法精。
1. L->residue 在α碳原子上標記其殘基名字和編號 （常用）
2. L->residue name 在所有原子上標記殘基名字 （不常用）
3. L->clear 刪除該對象上所有的Label
4. L->element symbol 顯示對象上所有原子的元素名字
5. L->vdw radius 產(chǎn)看原子的范德華半徑
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對于蛋白醛糖還原酶（PDB ID: 4HBK）,我們在UniProt 數(shù)據(jù)庫中查詢得到多律，其口袋中的重要殘基有：TYR48、LYS77 和 HIS110搂蜓。
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我們對這三個殘基展示其為stick模式,并掩藏主鏈狼荞，并通過label按鈕標注其氨基酸殘基的名字。移動Label帮碰，使其更加清晰可見相味。具體操作流程如下:
1. 載入4hbk 蛋白
2. 在4hbk object 上點擊 S->as cartoon
3. 點擊右下角的sequence開關(guān)按鈕，選擇 TYR48 LYS77 HIS110 三個殘基收毫，得到sele 臨時object
4. 在sele object 上點擊S->stick, H->main chain
5. 在sele object 上點擊L->residue
6. 設(shè)置背景為白色攻走，點擊菜單欄中Display->background->white
7. 點擊Mouse Mode 切換為 editing 模式
8. 按住ctrl鍵不放殷勘，然后將鼠標移動到殘基標簽上方，并按下鼠標左鍵不放昔搂，然后移動鼠標玲销，就可以調(diào)整標簽的位置。
9. 調(diào)整結(jié)束后摘符，點擊Mouse Mode 切換為 view 模式
效果如下圖所示贤斜，三個殘基被標記出來了。
=====調(diào)整配體的位置=====
pymol中包含配體和蛋白逛裤，如何調(diào)整配體和蛋白的相對位置瘩绒。
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以PDB ID: 1hkv 為例，其中配體小分子為PLP
step1 打開蛋白文件带族，定位到想要移動的配體锁荔。
step2 extract 操作，提取配體為新的object蝙砌，我換了一個cyan的顏色阳堕。
step3 對蛋白進行固定（最大化窗口），
step4 在edit模式下择克，按住shit 就可以通過鼠標移動配體恬总，可以隨意改變配體的大小和位置。
====測量距離========
點擊菜單欄中的Wizard->Measurement 就可以進行距離測量肚邢。然后分別選擇兩個2個原子就可以顯示這2個原子的距離壹堰。
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比如我們想測定TYR48中側(cè)鏈上的O原子到Lys77側(cè)鏈N原子的距離，如下操作即可：
1. 點擊Wizard->Measurement骡湖；打開了Measurement面板贱纠，位于object list面板下方；
2. 鼠標點擊TYR48側(cè)鏈上的O原子 和 LYS77 側(cè)鏈上面的N原子勺鸦；
3. 如要測定其他2個原子的距離并巍，鼠標繼續(xù)點擊選擇2個原子就可以了；
4. 測定完成后换途，點擊Measurement 面板中的done 就可以了懊渡。
可以看出這兩個原子的距離是：5.0。
=====測量角度========
點擊菜單欄中的Wizard->Measurement军拟，打開measurement 面板剃执，默認是測量距離的模式。
點擊Measuremnet 面板中Distances按鈕懈息，將Measurement Mode從Distances 模式切換到Angles模式肾档。
然后依次選擇3個原子，如ABC,則可以測出角度<ABC的角度。
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比如我們想測定Lys77側(cè)鏈CE怒见、NZ原子和的TYR48中側(cè)鏈上的O原子的角度俗慈，如下操作即可：
1. 點擊Wizard->Measurement；打開了Measurement面板遣耍，位于object list面板下方闺阱；
2. 點擊Measuremnet 面板中Distances按鈕,切換到Angles按鈕；
2. 鼠標依次點擊 LYS77 側(cè)鏈上面的CE原子舵变、N原子和TYR48側(cè)鏈上的O原子酣溃，完成測定
4. 測定完成后，點擊Measurement 面板中的done 就可以了纪隙。
5. 調(diào)整Label的位置赊豌，保存圖片赖欣。
同樣滴土涝，也可以切換到其它模式。
測量二面角弛说，同測量距離和角度的操作麸拄，只需要將測量模式切換為Dihedrals派昧。
測量環(huán)的距離，同測量距離和角度的操作拢切，只需要將測量模式切換為Dihedrals。該模式是用來測量兩個環(huán)中心的距離秆吵，所以選擇的2個原子必須位于環(huán)上淮椰，如苯環(huán)、環(huán)己烷纳寂、N雜環(huán)等主穗。否則將按照Distances模式進行處理。
====突變氨基酸殘基=======
如把4hbk 中的arg-40 突變成 lys-40,
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在菜單中點擊wizard->mutagenesis->protein
選擇第40個氨基酸 -> 點擊no mutation 并選擇lys 然后點擊apply->DONE
======設(shè)置透明度======
鼠標操作只能基于顯示模式進行設(shè)置毙芜，如：cartoon surface sphere stick等
1. 將cartoon 設(shè)置成透明的忽媒，透明度50%；點擊菜單欄中的Setting->Transparency->cartoon->50%;
2. 將Surface 設(shè)置成透明的腋粥，透明度50%晦雨；點擊菜單欄中的Setting->Transparency->surface->50%;
3. 將Stick 設(shè)置成透明的，透明度50%隘冲；點擊菜單欄中的Setting->Transparency->stick->50%;
4. 將sphere 設(shè)置成透明的闹瞧，透明度50%；點擊菜單欄中的Setting->Transparency->sphere->50%;
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除了可以設(shè)置透明度外展辞，還可以設(shè)置透明的方式奥邮，有如下幾種透明模式：
1. Uni-layer; 點擊菜單欄中的Setting->Transparency->Uni-layer
2. Multi-Layer; 點擊菜單欄中的Setting->Transparency->Multi-Layer
3. Multi-Layer(real time oit); 點擊菜單欄中的Setting->Transparency->Multi-layer(realtime oit)
4. Fast-ugly; 點擊菜單欄中的Setting->Transparency->Fast-ugly
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在Label操作中，我們將整個蛋白展示為cartoon,并將HIS 等3個殘基展示為stick模式; 這時候我們設(shè)置cartoon為透明50%，用4種不同的透明模式渲染洽腺，效果如下：
======保存和導(dǎo)出結(jié)果=====
PyMOL 和 PhotoShop 有點類似脚粟，PyMOL中的Object 類似于 PhotoShop中的圖層。
PyMOL 可以將會話保存為pse文件蘸朋，F(xiàn)ile->Save Session核无；pse 文件類似于PS中的psd文件，方便修改調(diào)整度液。
PyMOL 可以將object 導(dǎo)出為結(jié)構(gòu)文件厕宗，F(xiàn)ile->export molecule，然后從selection的下拉框中選擇需要導(dǎo)出的object,all 代表所有的object; enable 代表的可見的object;
保存圖片堕担，F(xiàn)ile->export image as->png; 在新版本的已慢，可以使用右上角的Ray/Trace按鈕，設(shè)置圖片大小分辨率霹购，進行保存圖片佑惠。
4. 保存動畫，F(xiàn)ile->exportmovie as->mpeg; PyMOL僅僅內(nèi)置了 mpeg_encode 編碼視頻方式齐疙，默認只能保存mpg格式的動畫膜楷。可自行下載ffmpeg,從而可以保存為多種格式贞奋，如gif,mov,mpg等
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