###01.序列比對
nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log &
#--mincluster/-c 用于聚類的匹配最低長度，默認65
#--minmatch/-l 單個匹配最小長度
#--maxgap/-g: 兩個相鄰匹配間的最大gap長度本慕，默認90
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--mum?Use anchor matches that are unique in both the reference and query 或者?--maxmatch Use all anchor matches regardless of their uniqueness
同時比對也可以用minimap2等軟件完成
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###02.去除短的和低質(zhì)量比對
delta-filter -1 -q -r -i 89 -l 50 out.delta > out.filter
#-1: 1對1聯(lián)配党觅，允許重排拘泞，是-r和-q的交集
#-q: 僅保留每個query在reference上的最佳位置,允許多條query在reference上重疊
#-r: 僅保留每個reference在query上的最佳位置,允許多條reference在query上重疊
##-i: 最小的相似度 [0,100], 默認0
##-l: 最小的匹配長度 默認0.
#-u: 最小的聯(lián)配唯一度 [0,100], 默認0
#-o: 最大重疊度，針對-r和-q設(shè)置摩泪。 [0,100], 默認100
#-g: 1對1全局匹配族购，不允許重排
#-m: 多對對聯(lián)配，允許重排直撤，是-r和-q的合集
###03.比對結(jié)果轉(zhuǎn)成表格格式
show-coords -THrd out.filter > out.filter.coords
#-r：以refID排序，相對的蜕着，還有-q谋竖，以queryID排序
#-T: Switch output to tab-delimited format
#-H: Do not print the output header
#-d 在附加的 FROM 列中顯示對齊方向（引物的默認值）
###04.運行syri進行變異檢測
syri -c out.filter.coords -d out.filter -r $ref -q $qry
# 輸入mummer coords文件，記錄共線性塊位置信息
# 輸入mummer delta文件承匣，記錄共線性區(qū)塊內(nèi)錯配蓖乘，插入，刪除等信息韧骗；即SNP和indel信息嘉抒。
# refence路徑
# query路徑
###05.繪圖
syri plotsr syri.out $ref $qry -H 8 -W 5
