導讀：分子相互作用網絡圖揭示了細胞內部分子間的復雜相互作用。通過識別網絡中密集連接的節(jié)點所形成的社區(qū)（community）尉辑，可以揭示它們之間以前未知的功能聯(lián)系渊抽。這些社區(qū)可能代表了具有共同功能的功能模塊，對于理解細胞生物學過程棍潘、疾病機制以及藥物靶點的識別具有重要的科學和臨床價值瓶籽。
《Clinical and Translational Medicine》文章“Whole-transcriptome sequencing uncovers core regulatory modules and gene signatures of human fetal growth restriction”fig 4D的lncRNA-mRNA-miRNA網絡圖揭示了三種分子間的復雜調控網絡匠童，并將整個網絡圖分成了不同的community，視覺上更有層次感塑顺。
本文以蛋白質-蛋白質相互作用數據為例汤求，展示了如何使用微生信云平臺在線繪制帶community的分子相互作用網絡圖。
1严拒，打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/basic_protein_protein_interaction_network_by_igraph_256
2扬绪，示例數據
點擊圖片上方的示例數據，下載裤唠，并使用excel打開挤牛。
示例數據包括2列：
第1列是來源（source）節(jié)點的名字
第2列是靶（target）節(jié)點的名字
第3列是相互作用的score，來自stringdb數據庫輸出結果的最后一列种蘸。
當然墓赴，輸入也可以是其他能夠以網絡形式展示的兩列名字竞膳，和表征它們之間關系強度的數值，例如相關性等诫硕。
3坦辟，輸入檢查
示例數據：點擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數據章办。
真實數據：數據放在excel中锉走，調整好后，Ctrl+A選中數據藕届，Ctrl+C拷貝挪蹭，Ctrl+V粘貼數據到輸入框中。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數據進行檢查休偶。若檢查不通過嚣潜，請根據檢查提示重復【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示）椅贱，然后可以繼續(xù)選擇參數。
注：輸入檢查是新加功能只冻，它會根據不同模塊的輸入要求庇麦，逐行逐列檢查輸入數據，并給出提示喜德，確保數據符合模塊輸入要求山橄。
4，選擇參數
圖片大猩崦酢：設置了圖片寬度航棱，高度
節(jié)點相關：
設置了節(jié)點的基礎大小，節(jié)點大小系數萌衬，節(jié)點的顏色和節(jié)點邊的顏色饮醇。
節(jié)點的大小計算公式為：節(jié)點基礎大小+圖中每個節(jié)點的連線（degree）數*節(jié)點大小系數。例如秕豫，節(jié)點基礎大小設置為5朴艰，節(jié)點系數設置為2，則degree為2的節(jié)點的大小就是5+2*2=9混移，degree為3的節(jié)點的大小就是5+3*2祠墅。若節(jié)點系數設置為0，則所有點大小均一樣歌径。
邊相關：
設置了邊的基礎大小毁嗦，邊大小系數，邊顏色
邊的大谢仡酢（即粗細）計算公式為：邊的基礎大小+輸入數據第3列*邊大小系數狗准。例如邊的基礎大小設置為1克锣，邊的系數設置為2，則輸入第3列為1的邊的大小就是1+1*2=3驶俊，輸入第3列為0.5的邊的大小就是1+0.5*2=2娶耍。若節(jié)點系數設置為0，或者輸入數據只有兩列饼酿，則所有連線大小均一樣榕酒。
標注相關：
設置了標注文字的大小和標注文字的顏色
是否按照community繪圖：
若按照community繪圖，則同一個community的節(jié)點會被圈起來
布局：
設置了多種布局方式故俐，默認自動選擇最佳布局想鹰，還可以是圓形布局，星型布局药版，網格布局等等
連線線型：
設置了實線（-------）辑舷，虛線（- - - -），點線（. . . .）和點虛線（.- .- .-）
字體：設置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial槽片。如需使用其他字體何缓，可以下載pdf或者svg圖片，然后使用acrobat illustrator進行替換或者添加文字
5还栓，提交出圖
檢查通過碌廓，并且參數選好后，點擊“提交”按鈕剩盒，約3s后谷婆，會在頁面上顯示帶community的彩色PPI相互作用網絡圖。我們提供了pdf辽聊、svg兩種矢量圖纪挎，png、tiff兩種標量圖供大家下載使用跟匆∫彀溃可以使用acrobat illustrator等軟件編輯矢量圖，進行組圖贾铝，調整文字位置隙轻，添加說明等操作，以滿足個性化需求垢揩。
提供了多種布局玖绿，和不帶community的繪圖方式。
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