1、第一代測(cè)序技術(shù)
概述:用的是1975年由Sanger和Coulson開創(chuàng)的鏈終止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert發(fā)明的化學(xué)法(鏈降解)。
發(fā)展:除了Sanger測(cè)序技術(shù),還出現(xiàn)了如連接酶測(cè)序和焦磷酸法測(cè)序,其中,連接酶測(cè)序是ABI公司SOLiD技術(shù)的測(cè)序基礎(chǔ),焦磷酸測(cè)序是Roche公司454技術(shù)的測(cè)序基礎(chǔ)楷力。這兩者的核心思想都利用了Sanger測(cè)序技術(shù)可中斷DNA合成反應(yīng)的dNTP。
特點(diǎn):
(1)平均測(cè)序長度大約為250個(gè)堿基孵户,準(zhǔn)確率較高萧朝;
(2)可直接測(cè)未克隆的DNA片段,不需要酶催化反應(yīng)夏哭;
(3)適合測(cè)定含有5-甲基腺嘌呤检柬,G+C含量較高的特殊DNA片段以及短鏈核苷酸的序列。
缺點(diǎn):測(cè)序成本高竖配,通量低何址,速度慢。
2进胯、第二代測(cè)序技術(shù)
概述:有Roche公司的454技術(shù)用爪、Illumina公司的Solexa/HiSeq技術(shù)和ABI公司的SOLiD技術(shù)。目前胁镐,Illumina的測(cè)序儀占全球75%以上的市場(chǎng)份額偎血,以HiSeq系列為主诸衔。Illumina的及其采用的都是邊合成邊測(cè)序的方法。
步驟;
(1)構(gòu)建DNA測(cè)序文庫-超聲打斷加接頭 (2)測(cè)序流動(dòng)槽-吸附流動(dòng)DNA片段 (3)橋式PCR擴(kuò)增與變性-放大信號(hào) (4)測(cè)序-測(cè)序堿基轉(zhuǎn)化為光學(xué)信號(hào)
特點(diǎn):
(1)測(cè)序速度較第一代颇玷,測(cè)序成本較第一代低笨农,并且保持了高準(zhǔn)確度;
(2)測(cè)序讀段較短帖渠,比第一代測(cè)序技術(shù)的讀段要短很多谒亦,大多只有100bp~150bp;
3阿弃、第三代測(cè)序技術(shù)
概述:以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore公司的納米孔單分子測(cè)序技術(shù)為標(biāo)志诊霹。
特點(diǎn):
(1)與前兩代相比羞延,第三代測(cè)序技術(shù)是單分子測(cè)序渣淳;
(2)測(cè)序過程無須進(jìn)行PCR擴(kuò)增
(3)具有超長讀段,平均可達(dá)到10kbp ~ 15kbp伴箩,測(cè)序過程中這些序列的讀段長度是不相等的入愧。