三十六策 第 13 策 陰陽(yáng)兩儀
低分 SCI 常見的灌水流程:選個(gè)分子進(jìn)行一正一反操作沸柔,細(xì)胞動(dòng)物組織標(biāo)本數(shù)據(jù)組合起來(lái),發(fā)一篇 SCI,然后換個(gè)分子同樣步驟再來(lái)一篇仍稀。
研究分子機(jī)制拳芙,有一個(gè)最最基本的核心問(wèn)題:它調(diào)控了誰(shuí)察藐,以及它被誰(shuí)調(diào)控?
它調(diào)控了誰(shuí)是指下游的效應(yīng)環(huán)節(jié),一般是明星分子或通路舟扎。
它被誰(shuí)調(diào)控是指上游的驅(qū)動(dòng)因素分飞,可以是分子、藥物睹限,不會(huì)是通路譬猫。
二元變量組合理論上有 4 種:藥物+分子,藥物+通路羡疗,分子+ 通路以及分子+分子删窒。
藥物+通路
常見于中藥或者天然產(chǎn)物的課題中
在加藥之后檢測(cè)一下明星通路分子表達(dá)的變化,通過(guò)一組具有代表性的通路關(guān)鍵蛋白的表達(dá)變化來(lái)提示藥物對(duì)通路的調(diào)節(jié)作用顺囊。
藥物作為主變量本身沒有過(guò)表達(dá)和 RNAi 沉默一正一反的操作,只有加藥和不加藥進(jìn)行比較蕉拢,最多多摸一個(gè)藥物劑量梯度然后就是加藥觀察細(xì)胞特碳、動(dòng)物模型上表型的改變,確定有沒效果晕换。
把通路作為下游機(jī)制檢測(cè)一堆通路蛋白 Western午乓。藥物+通路屬于典型的間接作用機(jī)制,知道通路里面關(guān)鍵的 marker 表達(dá)被調(diào)節(jié)了闸准, 但到底是藥物作用在哪個(gè)分子上調(diào)節(jié)的不確定益愈。
藥物+分子
為了有力說(shuō)明一個(gè) 藥物發(fā)揮作用的過(guò)程中某一個(gè)已知功能的分子是其效應(yīng)靶點(diǎn),Rescue 實(shí)驗(yàn)不可或缺夷家。
有個(gè)藥是促進(jìn)細(xì)胞發(fā)生凋亡的蒸其,加了藥,發(fā)現(xiàn)有個(gè)已知跟凋亡表型相關(guān)的分子上調(diào)了库快,
那么 Rescue 實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)就是在加藥的同時(shí)摸袁,再轉(zhuǎn)一個(gè)靶分子的 siRNA 進(jìn)去,把藥物對(duì)這個(gè)分子上調(diào)的動(dòng)作阻斷掉义屏,然后看藥物介導(dǎo)的表型靠汁。如果表型沒有了,那就說(shuō)明藥物發(fā)揮作用需要依賴于這個(gè)靶點(diǎn)闽铐。
(藥→促凋亡蝶怔,加藥→凋亡表型相關(guān)分子上調(diào), 加藥+轉(zhuǎn)靶分子 siRNA →表型沒有了)
4 條關(guān)鍵的證據(jù)鏈:
第一兄墅,藥物介導(dǎo)表型;
第二踢星,藥物調(diào)控分子;
第三,分子跟表型相關(guān)隙咸,一般是選已知明星分子;
第四斩狱,阻斷了藥物對(duì)分子的調(diào)節(jié)耳高,則藥物對(duì)表型的作用會(huì)無(wú)效化,也就是被回復(fù)所踊。
得出科學(xué)假設(shè):藥物經(jīng)由分子介導(dǎo)了表型泌枪。
分子+通路
單變量的 5 步法:表達(dá)差異,正反回復(fù)秕岛,細(xì)胞動(dòng)物碌燕。提高:靠通路,找?guī)讉€(gè)通路明星蛋白 Western 檢測(cè)一下继薛,再 Rescue 驗(yàn)證一遍修壕。
通路機(jī)制篩、猜:
第一種是大量的做Western檢測(cè)通路明星蛋白表達(dá)變化遏考,走猜分子+驗(yàn)證的路子
第二種是通路芯片慈鸠, 尤其是蛋白芯片 Pathway Array。留同一批的樣品來(lái)做芯片和后續(xù)的 Western 驗(yàn)證
第三種是用通路的抑制劑和激活劑來(lái)篩灌具。主要是抑制劑青团,一般做功能都是激活了某個(gè)通路導(dǎo)致表型,加了通路抑制劑阻斷發(fā)現(xiàn)表型變化了就能建立邏輯關(guān)聯(lián)咖楣。接下來(lái)還是做 Western 驗(yàn)證督笆。
分子+分子
上游的分子改變肯定比下游的環(huán)節(jié)更重要一些,有因才有果诱贿。兩個(gè)分子變量進(jìn)行嵌套最根本的問(wèn)題是探討分子相互作用的模式娃肿。蛋白怎么調(diào)蛋白,蛋白怎么調(diào) RNA珠十,RNA 怎么調(diào)蛋白料扰,RNA 又怎么調(diào) RNA。
總結(jié)
多元變量體系焙蹭,最簡(jiǎn)單的是二元變量組合记罚,一共有 4 種二元變量搭配模式,藥物+通路壳嚎,藥物+分子桐智,分子+通路,以及分子+分子烟馅,后面兩個(gè)是重中之重说庭。
藥物加藥物, 通路+通路是沒有的郑趁,因?yàn)樗幬锊蛔鲆蜃兞靠浚凡蛔鲋髯兞俊?/p>
剛接觸分子機(jī)制研究的時(shí)候, 通路是最好的研究對(duì)象。關(guān)于藥物或者分子搭配通路的組合捆憎,介紹了三種高效做通路間接機(jī)制的方法舅柜。單變量的五步法前面四步不用動(dòng),表達(dá)差異檢測(cè)躲惰,制備操作工具致份,細(xì)胞表型加上動(dòng)物表型,做完之后再篩通路础拨〉椋可以用蛋白芯片篩一下,把有變化的通路明星分子做 Western 驗(yàn)證诡宗,然后 Rescue滔蝉。