前言:
挑選到滿意的sgRNA之后,就要開始正式實(shí)驗(yàn),而正式實(shí)驗(yàn)中細(xì)胞轉(zhuǎn)染部分我則不會(huì)再講泞莉,直接到最關(guān)鍵的部分:挑取單克隆。
實(shí)驗(yàn)正文
1. 實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備
常規(guī)試劑船殉、儀器:轉(zhuǎn)染試劑鲫趁,流式分選,雙抗利虫,Incucyte
2. 實(shí)驗(yàn)步驟--將sgRNA插入pSpCas9質(zhì)粒中
(1)Day 0: 質(zhì)粒轉(zhuǎn)染
還是同之前一樣挨厚,將sgRNA-pSpCas9質(zhì)粒轉(zhuǎn)入到目的細(xì)胞中,此時(shí)根據(jù)可根據(jù)細(xì)胞不同糠惫,選用不同的轉(zhuǎn)染試劑或轉(zhuǎn)染方法疫剃。
(2)Day 2/3: 篩選
根據(jù)使用的Cas9骨架質(zhì)粒的不同,篩選的方式也不同:
(1)帶抗生素抗性基因的使用抗生素進(jìn)行篩選硼讽;
(2)帶熒光標(biāo)簽的細(xì)胞則可使用流式篩選:
在這里我選擇方法(2)
(1)事先告知流式分選工作人員細(xì)胞類型巢价、細(xì)胞大小、熒光類型等信息固阁,以便提前調(diào)試儀器壤躲;
(2)首先將細(xì)胞消化為單細(xì)胞狀態(tài);
(3)使用帶雙抗的培養(yǎng)基吹打混勻您炉,過了40/70 μm篩后立刻放置于冰上;以相同的手法役电,準(zhǔn)備一管未轉(zhuǎn)染的細(xì)胞為陰性對照赚爵;
(4)篩選后的細(xì)胞立刻置于冰上運(yùn)輸回細(xì)胞房;
(5)根據(jù)細(xì)胞的活力不同法瑟,對于皮實(shí)的細(xì)胞冀膝,可直接跳到下一步操作;對于人胚胎干細(xì)胞之類的較弱細(xì)胞霎挟,則需要種在24窝剖,12或者6孔板中擴(kuò)增后,再進(jìn)行下一步酥夭,用這種方法赐纱,在篩選后第二天仍可觀察到熒光脊奋。
(3)挑取單克隆
篩選過后的細(xì)胞則按照1個(gè)/孔的密度種到96孔板中,放在Incucyte之類活細(xì)胞工作站監(jiān)控疙描,每天拍2-3張全孔掃描照片诚隙,7天后查看96孔板單克隆生長狀況,反查第1天時(shí)的照片起胰,確認(rèn)是單細(xì)胞即可久又。以下是Incucyte的結(jié)果示例(因?yàn)檫B續(xù)視頻有點(diǎn)大,因此放上day1和day10的圖):
(4)Day 10(根據(jù)不同的細(xì)胞效五,選擇不同培養(yǎng)時(shí)間)
將挑中的單克隆消化后接種到24孔板中擴(kuò)大培養(yǎng)等待后續(xù)驗(yàn)證地消。
(5)沒有可全孔掃描拍照的儀器怎么辦
Incucyte是挑單克隆的利器,可全孔掃描的儀器也可使用畏妖,由于可以追蹤到最早期的細(xì)胞個(gè)數(shù)脉执,因此能確認(rèn)細(xì)胞克隆是來自于單細(xì)胞。但I(xiàn)ncucyte之類的儀器并不是所有平臺(tái)都有瓜客,此時(shí)只能用老方法進(jìn)行單克隆細(xì)胞挑仁释摺:
(1)找一個(gè)細(xì)菌接種環(huán),將熒光細(xì)胞圈住谱仪,只消化這一顆細(xì)胞玻熙,之后種到96孔板中(難度很大);
(2)將細(xì)胞消化后,經(jīng)由流式篩選腕巡,使用無限稀釋法概页,稀釋獲取單細(xì)胞(很費(fèi)96孔板,工作量很大)枚尼;
(3)將細(xì)胞消化后,在熒光顯微鏡下砂吞,使用槍頭吸取熒光細(xì)胞署恍,種到96孔板中(難度仍然大,但是可操作性強(qiáng))蜻直;這個(gè)方法需要實(shí)驗(yàn)室擁有在超凈臺(tái)中的熒光顯微鏡盯质。
試過之后,覺得方法(3)容易實(shí)現(xiàn)一些概而,可如下圖所示:
(1)將顯微鏡滅菌呼巷;
(2)挑取綠色熒光細(xì)胞一個(gè),挪到旁邊的空白孔種放出赎瑰,確認(rèn)為單個(gè)后再吸起放入96孔板中王悍;
對于轉(zhuǎn)染難度低且皮實(shí)的細(xì)胞來說,挑取單克隆可以說是在我這個(gè)CRISPR-Cas9敲除方案中最難的一個(gè)實(shí)驗(yàn)餐曼,非常之關(guān)鍵压储。