文獻(xiàn)學(xué)習(xí)075--[sc]單細(xì)胞免疫譜分析揭示新冠疫苗接種后的體液免疫應(yīng)答機(jī)制

上個月的Cell Discovery(IF: 38.079)
1. Durable response of neutralizing antibodies induced by a heterologous or homologous booster dose

Fig 1a:研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了假病毒中和試驗(yàn)(pVNT)蛉加,評估了同源BBIBP-CorV/BBIBPCorV或異源BBIBP-CorV/ZF2001加強(qiáng)針之后的中和滴度(圖1a)庆捺。接種后6個月異源組pVNT值明顯高于同源組焦蘑。

pVNT(pseudovirus virus neutralization test)將慢病毒(或水泡型口炎病毒VSV)的包膜蛋白用新冠病毒的Spike蛋白替換厚宰,模擬新冠病毒感染。假病毒無完整的活病毒成分涌庭,只能進(jìn)行一輪復(fù)制嚼隘。相對于PRNT和MRNT方法保屯,pVNT是一種靈敏秉版、準(zhǔn)確贤重、重復(fù)性好的方法。SARS-CoV-2假病毒以復(fù)制缺陷型的HIV-1病毒為骨架沐飘,包被SARS-CoV-2的表面刺突糖蛋白(Spike glycoprotein)游桩,通過Spike 蛋白受體結(jié)合區(qū)域(Receptor-binding domain, RBD)與人血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2(Angiotensin converting enzyme 2, ACE2)受體結(jié)合牲迫,感染過表達(dá)人ACE2的細(xì)胞耐朴,模擬病毒入侵細(xì)胞過程。由于假病毒只能單次感染盹憎,無法復(fù)制筛峭,因此可在生物安全2級(BSL-2)實(shí)驗(yàn)室內(nèi)操作和使用。

Fig 1b:在注射加強(qiáng)針180d后陪每,BBIBP- CorV/ZF2001組的Omicron pVNT水平是baseline的6.35倍影晓。prototype strain的pVNT水平趨勢和Omicron一致镰吵。
Fig 1c:注射加強(qiáng)針后的follow up過程中anti-RBD總抗體水平和IgG isotype也被檢測了。結(jié)果顯示兩種疫苗都可以產(chǎn)生長期的抗RBD抗體挂签,heterologous組比homologous組的抗體水平更高疤祭。

2. Global profiling of peripheral blood mononuclear cells

Fig 2a:作者對homologous (InaV)組和heterologous (PrSV)組反應(yīng)性High和Low的患者D0, 3, 14, 90, 180時間點(diǎn)的外周血PBMC進(jìn)行了單細(xì)胞測序和BCR測序。
Fig 2b:high和low組不同時間點(diǎn)的pVNT titers饵婆。盡管peak的時間不一樣勺馆,high和low組在180d時都具有較高的pVNT titers。
Fig 2c, d:注釋得到6大類細(xì)胞侨核,包括12個細(xì)胞群草穆。

3. Heterologous booster induced more robust activation of plasma cells than homologous booster

Fig 3a, b:作者對B細(xì)胞亞群做了進(jìn)一步細(xì)分,得到3個主要的亞群:na?ve B 細(xì)胞 (MS4A1, IGHD, TCL1A), memory B 細(xì)胞 (MS4A1, CD27, PTPN6, BLK)漿細(xì)胞 (XBP1, MZB1)搓译。
Fig 3c:漿細(xì)胞在加強(qiáng)針后出現(xiàn)了fast clonal expansion悲柱。和homologous組相比,heterologous 組顯示出 earlier expansion dynamics些己。
Fig 3d: 在homologous組中豌鸡,主要擴(kuò)增的BCR isotype是IGHA2 和 IGHG2,在heterologous組中則是IGHA1 和 IGHG1轴总,提示不同的boosters會誘導(dǎo)不同性質(zhì)的體液免疫直颅。
Fig 3e: 和克隆擴(kuò)增相一致,漿細(xì)胞擴(kuò)增在heterologous組中也出現(xiàn)的更早怀樟。
Fig 3f:功能富集結(jié)果顯示趁窃,heterologous組的漿細(xì)胞高表達(dá)與蛋白翻譯、折疊和糖基化相關(guān)蛋白仑氛。此外翠拣,heterologous組的線粒體氧化磷酸化也更明顯。These features could partially explain the higher antibody production in the heterologous group.

4. Early expansion and persistence of B cell clones underlies sustainable antibody titers

為了進(jìn)一步探究接種疫苗后體液免疫的進(jìn)展過程虑灰,作者分析了不同時間點(diǎn)B細(xì)胞的BCR clones吨瞎。
Fig 4a:為了探究疫苗加強(qiáng)針后B細(xì)胞的初始反應(yīng),作者比較了D3/D14的擴(kuò)增BCR克隆和D0/D3/D14的所有記憶B細(xì)胞clone穆咐。一共鑒定出134種疫苗相關(guān)的擴(kuò)增克隆型颤诀,其中17個和記憶B細(xì)胞有共有的BCR,提示激活了SARS-CoV-2-specific memory B cells对湃。有趣的是有11個擴(kuò)增的漿細(xì)胞 clones和D0/D3的na?ve B 細(xì)胞有共有的 BCR崖叫,提示存在B細(xì)胞存在de novo的激活和分化。
Fig 4b, c:和de novo clones相比拍柒,recalled clones展示出更強(qiáng)的 somatic hypermutation (SHM) 和 isotype switching心傀,提示recalled clones產(chǎn)生的抗體活性更強(qiáng),作用更廣泛拆讯。

隨后作者想要去探究加強(qiáng)針誘導(dǎo)的B細(xì)胞記憶是否可以長時間存在脂男。
Fig 4d:在D3/D14檢測到的1293個擴(kuò)增的BCR克隆中养叛,380個在D90/ D180中也檢測到了,提示存在著很好的持續(xù)性B胞免疫記憶宰翅。
Fig 4e:和D90/D180所檢測到的總BCR克隆相比弃甥,60%shared clones表達(dá)IgA 或 IgG,in agreement with their origin of memory cells.
Fig 4f:此外汁讼,這些persistent clones和total clones相比展示出高SHM frequency潘飘。
Fig 4g:D180 persistent clones 的 SHM頻率比D90還要高,提示持續(xù)的抗體親和成熟掉缺。

Both heterologous and homologous boosters can induce the antigen-related B cell activation and differentiation, and that the presence of SARS-CoV-2 antigen-specific BCR clones persists up to at least 180 days.

5. High antibody titers are associated with active processes of antigen presentation and follicular helper T cell activation

不同的受試者接種homologous 或 heterologous 疫苗后產(chǎn)生的抗體滴度差異很大卜录,因此理解反應(yīng)性差異的基礎(chǔ)十分重要。因此作者重新將homologous 和 heterologous 組分成high-antibody-titer 和 low-antibody-titer 組眶明,分析了調(diào)節(jié)抗體形成的關(guān)鍵免疫通路如抗原呈遞和濾泡輔助T細(xì)胞活化艰毒。
Fig 5a:作者發(fā)現(xiàn)cDC的抗原呈遞功能與抗體滴度正相關(guān),單核和pDC則與之負(fù)相關(guān)搜囱。
Fig 5b:且cDC的抗原呈遞功能與抗體滴度的正相關(guān)在d0時是顯著的丑瞧,提示這個時期cDC發(fā)揮了重要的功能。
Fig 5c:此外蜀肘,TLR信號通路和細(xì)胞因子信號通路如TNF, IFN, IL-1在d0的高抗體組cDC中更顯著绊汹,這可能引起增強(qiáng)的 cDC 活化。
Fig 5d:GO-BP富集分析提示高抗體滴度組的cDC顯著富集到cell activation, cell adhesion 和 antigen presentation 信號通路扮宠。Thus, basal cDC activation and function may be crucial to triggering the booster-induced antibody response.

在cDCs和B細(xì)胞之間西乖,T細(xì)胞起到了關(guān)鍵的橋梁性作用。在接受了cDC的抗原刺激之后坛增,一部分的T細(xì)胞哦分化成Tfh (follicular helper T)細(xì)胞获雕,輔助B細(xì)胞在生發(fā)中心分化成漿細(xì)胞和記憶細(xì)胞。
Fig 6a:在D14收捣,Tfh細(xì)胞的比例在高抗體滴度組比低抗體滴度組顯著更高届案。
Fig 6b:功能富集結(jié)果也顯示高抗體滴度組Tfh細(xì)胞在D3/D14時與病毒反應(yīng)性有關(guān)。
Fig 6c:細(xì)胞互作結(jié)果提示高抗體滴度組cDCs, Tfh cells 和 B 細(xì)胞之間的互作在D3/D14 和 D90/D180更強(qiáng)罢艾,suggesting that the biological pro- cesses underlying SARS-CoV-2 immunization, including antigen presentation and the activation of Tfh cells that help the maturation of B cells, were more active in the high-antibody-titer group.

6. Energy metabolism fuels antibody production

由于所有的生物過程中能量代謝都起到了至關(guān)重要的作用楣颠,作者隨后探究了參與體液免疫反應(yīng)的免疫細(xì)胞的能量代謝動態(tài)變化。結(jié)果顯示在幾種細(xì)胞中咐蚯,cDC的能量代謝最活躍童漩,糖酵解和氧化磷酸化都非常長活躍。Tfh細(xì)胞也發(fā)生了糖酵解和氧化磷酸化仓蛆,但活躍程度比cDC低睁冬。記憶B細(xì)胞和漿細(xì)胞則更依賴于氧化磷酸化而不是糖酵解挎春。四種細(xì)胞的glutaminolysis在高抗體滴度組都出現(xiàn)了上調(diào)看疙,脂肪酸代謝也輕度上調(diào)豆拨。糖酵解的變化則異質(zhì)性較大。磷酸戊糖途徑(PPP)是一種與糖酵解平行的代謝途徑能庆,有助于合成代謝施禾。PPP在cDCs中高度活躍,而在其他細(xì)胞類型中表現(xiàn)出最小的活化搁胆。當(dāng)比較高抗體滴度組和低抗體滴度組時弥搞,作者發(fā)現(xiàn)cDCs的PPP在高抗體滴度組的早期時間點(diǎn)更活躍。氨基己糖合成途徑(HBP)是糖酵解的一個分支渠旁。漿細(xì)胞與活性HBP結(jié)合是因?yàn)樘腔瘜贵w活性至關(guān)重要攀例。相比之下,記憶性B細(xì)胞表現(xiàn)出最低的HBP活性顾腊。漿細(xì)胞的HBP活性與抗體滴度也明顯相關(guān)粤铭。

總結(jié)

1、該研究發(fā)現(xiàn)同源或異種第三劑加強(qiáng)疫苗對健康成人均具有高度免疫原性杂靶,免疫應(yīng)答可持續(xù)至少6個月梆惯。
2、單細(xì)胞分析揭示同源和異種增強(qiáng)劑誘導(dǎo)的早期和長期體液免疫的潛在機(jī)制吗垮,作者發(fā)現(xiàn)BBIBP-CorV/ZF2001異種加強(qiáng)針組和BBIBP-CorV同源加強(qiáng)針組均能喚起功能性B細(xì)胞應(yīng)答垛吗,誘導(dǎo)na?ve B細(xì)胞重新活化,并激活I(lǐng)gA和IgG漿細(xì)胞及其同型分化烁登。研究結(jié)果表明怯屉,與同源加強(qiáng)針相比,異源加強(qiáng)針可以更早饵沧、更強(qiáng)地誘導(dǎo)抗原特異性免疫應(yīng)答蚀之,這可能與兩種疫苗的生產(chǎn)策略不同有關(guān)。
3捷泞、該研究揭示了cDCs在加強(qiáng)疫苗接種后增強(qiáng)體液免疫應(yīng)答方面的重要性足删,提示激活toll樣受體和細(xì)胞因子通路有可能刺激cDCs誘發(fā)更強(qiáng)的T細(xì)胞和B細(xì)胞應(yīng)答,同時獲得更高的抗體滴度锁右,甚至對SARS-CoV-2及其高關(guān)注變異株(VOCs)產(chǎn)生更廣泛的免疫力失受。
4、研究發(fā)現(xiàn)谷氨酰胺是與抗體產(chǎn)生最相關(guān)的營養(yǎng)素咏瑟。谷氨酰胺是細(xì)胞中最重要的氮源拂到,在轉(zhuǎn)氨酶的氨基酸轉(zhuǎn)化中起關(guān)鍵作用。在接種SARS-CoV-2疫苗期間補(bǔ)充谷氨酰胺可能對促進(jìn)體液免疫有益码泞。

綜上所述兄旬,該研究揭示了增強(qiáng)劑誘導(dǎo)體液免疫的細(xì)胞機(jī)制,并指出了未來在全球抗擊快速演變的SARS-CoV-2病毒的戰(zhàn)斗中提高疫苗效力的幾個方向。

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