該模塊主要用于KEGG分析以及作圖埋市。首先，需要得到相應(yīng)基因的KEGG以及KO IDs:
輸入文件是先前的比對文件命贴，選擇近緣物種道宅，然后保存并命名，之后點(diǎn)擊“search”胸蛛，會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)文件：
第一個(gè)是你命名的文件污茵，第二個(gè)是標(biāo)記著KO的文件。第一個(gè)文件含有的是基因ID以及對應(yīng)的KEGG ID葬项，第二個(gè)是基因ID; KEGG ID; KO ID以及功能泞当，如下：
同時(shí)，因?yàn)檫@個(gè)文件含有大量信息民珍，有的時(shí)候會(huì)比較大襟士，打不開盗飒。這個(gè)時(shí)候別慌，選擇后面的：
你想要哪些內(nèi)容，你就選擇哪些內(nèi)容，然后點(diǎn)擊“extract”提取就好汉操。結(jié)果如下：
之后將產(chǎn)生的只含有基因ID以及KEGG ID 的文件拖入進(jìn)來：
便可得到KEGG對應(yīng)的功能邻吭。如下：
旁邊那個(gè)按鈕可以給你提供一份簡化版的注釋信息，比如：
如果使用簡單數(shù)據(jù)庫，則后面的信息會(huì)只保留kinase，具體想要哪些信息，同學(xué)們根據(jù)需要選擇落包。
再就是可視化。我們先說一下網(wǎng)絡(luò)圖摊唇。例如下面這個(gè)：
具體操作是：
把上述過程得到的KEGG的功能文件咐蝇，放入① （當(dāng)然，因?yàn)橐粋€(gè)基因往往在多個(gè)過程中發(fā)揮作用而功能文件又含有很多基因巷查。所以信息會(huì)很復(fù)雜有序，在這里我建議同學(xué)們只展示需要展示的幾個(gè)基因，或者只展示需要展示的幾個(gè)功能岛请，全部放進(jìn)入不是不能做而是不好看旭寿，我們寫文章提供給別人的信息應(yīng)該是明確的，清晰的~）崇败，點(diǎn)② format一下盅称，之后在③處選擇一個(gè)顏色模型，其他參數(shù)可以暫時(shí)不用管后室，然后點(diǎn)擊④缩膝，就可以進(jìn)行繪圖。
再說一下岸霹，熱圖疾层。
這里往往不會(huì)很精彩，能夠提供的是如下所示的類型：
展示了在哪些過程有哪些基因贡避。
具體操作：
首先還是格式化文件痛黎，這里的格式化是對你的文件中的功能進(jìn)行一個(gè)統(tǒng)計(jì)：文件放入①，點(diǎn)②贸桶，設(shè)置保存并命名文件③舅逸，之后點(diǎn)擊“statistics”即可完成。
然后將統(tǒng)計(jì)完的文件（當(dāng)然皇筛，同學(xué)們也可以用其他軟件對該文件進(jìn)行一個(gè)繪圖，反正坠七，統(tǒng)計(jì)的結(jié)果是一樣的水醋，只是具體的可視化方法不同而已）放入④旗笔，選擇一個(gè)顏色模式⑤，點(diǎn)擊⑥就可進(jìn)行繪圖~
