以大設(shè)施anlei01環(huán)境為例
1缭裆、配置miniconda軟件
# 首先下載文件丝蹭，校服務(wù)器是聯(lián)網(wǎng)的可以wget下載
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 接下來使用bash命令來運(yùn)行我們下載的文件，記得是一路yes下去
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安裝成功后需要更新系統(tǒng)環(huán)境變量文件愁铺，可以理解為這個(gè)軟件在賬戶下有使用權(quán)限
source ~/.bashrc
#設(shè)置鏡像。復(fù)制以下進(jìn)服務(wù)器就行了
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
2闻鉴、設(shè)置環(huán)境
建立一個(gè)RNA-seq分析環(huán)境茵乱，這樣是為了和其他環(huán)境區(qū)分開，以免本環(huán)境損壞造成其他環(huán)境也異常孟岛，也有些特殊軟件例如cellphonedb需要建立python3.8環(huán)境瓶竭。建議使用python3.8.很多軟件不兼容過高版本的python
#創(chuàng)建環(huán)境并激活，可以看到賬戶前面括號(hào)內(nèi)由base轉(zhuǎn)變?yōu)镽NA-seq
conda create -n RNA-seq python=3.8
conda activate RNA-seq
環(huán)境搭建后前綴變化.png
3渠羞、軟件安裝
conda軟件可以直接一行命令安裝斤贰，無(wú)需后續(xù)環(huán)境配置
以安裝hisat2為例，直接用網(wǎng)頁(yè)提供的代碼
不熟悉代碼的可以去網(wǎng)頁(yè)搜需要的軟件 https://anaconda.org/bioconda/
軟件安裝.jpg
conda install -c bioconda hisat2
#安裝完會(huì)有三個(gè)done
#Preparing transaction: done
#Verifying transaction: done
#Executing transaction: done
#安裝完使用hisat2相關(guān)命令堵未，彈出使用說明則表明軟件安裝成功
#可以同時(shí)安裝好幾個(gè)軟件
conda install -c bioconda fastqc trim-galore subread
##安裝報(bào)錯(cuò)要仔細(xì)看腋舌，有些軟件有綁定的軟件需要提前安裝
3、庫(kù)文件缺失報(bào)錯(cuò)
指路帖子http://www.reibang.com/p/89e9024a1450
4渗蟹、samtools報(bào)錯(cuò)
image.png
$find ~ -name "libcrypto.so.1*"
/work/home/algroup01/miniconda3/pkgs/openssl-1.1.1w-h7f8727e_0/lib/libcrypto.so.1.1
/work/home/algroup01/miniconda3/envs/RNA-seq/lib/libcrypto.so.1.1
##用帶lib這個(gè) 軟鏈接
ln -s /work/home/algroup01/miniconda3/envs/RNA-seq/lib/libcrypto.so.1.1 /work/home/algroup01/miniconda3/envs/RNA-seq/lib/libcrypto.so.1.0.0
