Linux環(huán)境下安裝軟件步驟
1.什么是conda和miniconda：
conda：是一個開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)， 是為 Python 程序創(chuàng)建的，適用于 Linux，OS X 和Windows九府，也可以打包和分發(fā)其他軟件覆致。
miniconda：只包含了conda儡羔、python和一些必備的軟件工具汰蜘，是anaconda的精簡版苛坚。
2.安裝miniconda：
a. 下載軟件包：根據(jù)自己服務器的配置泼舱，選擇性的下載miniconda軟件包
uname -a #查看Linux服務器是多少位的
b. 在百度上搜索“miniconda 清華”，進入清華的conda鏡像網(wǎng)站下載合適服務器版本的miniconda安裝包
mkdir ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #wget命令下載軟件包
c. 安裝miniconda：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
enter #安裝過程需要確認涯贞，點擊enter鍵
yes #安裝最后需要輸入yes
d. 激活conda：
soucre ~/.bashrc
e. 設置conda國內(nèi)鏡像(為了安裝軟件更為快捷)
#設置清華鏡像(首選)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
f. 切換其它鏡像(有的時候清華鏡像會失聯(lián))
rm ~/.condarc
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
到此為止miniconda安裝和設置完成，可以開始安裝軟件了
- 先看看conda自己裝了那些軟件
conda list - 從conda中搜索是否含有你想安裝的軟件
conda search fastqc # 以fastqc軟件為例薄嫡，“fastqc”可以替換成你想要安裝的軟件的名稱 - 開始正式安裝軟件
conda install fastqc -y # 以fastqc軟件為例，“fastqc”可以替換成你想要安裝的軟件的名稱, 其中 -y 參數(shù)是指在安裝過程中全部回答為yes
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定fastqc的軟件版本
- 安裝之后如何卸載
conda remove fastqc
如何利用conda給軟件創(chuàng)建運行環(huán)境哑蔫？
不同的軟件運行的python環(huán)境不同，有時候需要在服務器中安裝不同版本的python
查看conda已有的環(huán)境
conda info --env
創(chuàng)建新的運行環(huán)境同時安裝軟件
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #創(chuàng)建環(huán)境的名稱是rna-seq，python版本采用3今阳，同時安裝fastqc和trimmomatic軟件
激活創(chuàng)建的運行環(huán)境
conda info --env #查看已安裝的環(huán)境
conda activate rna-seq #激活名稱為rna-seq的運行環(huán)境
conda deactivate #退出當前運行環(huán)境
