傳統(tǒng)單細(xì)胞測(cè)序在一些方面存在挑戰(zhàn)：
1舱殿、縱向研究或多隊(duì)列研究等大型項(xiàng)目樣本量大奥裸，在樣本采集和樣本運(yùn)輸方面面臨著挑戰(zhàn)；
2沪袭、傳統(tǒng)單細(xì)胞測(cè)序無法對(duì)生物樣本庫(kù)中經(jīng)過固定的存檔樣本進(jìn)行研究刺彩，然而這些樣本往往包含很多值得探究的重要信息；
3枝恋、有些實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)需要開展時(shí)間點(diǎn)的分析，通常無法決定采集哪些樣本嗡害、何時(shí)采集焚碌，樣本先固定，之后就可進(jìn)行單細(xì)胞的研究霸妹；
4十电、單個(gè)樣本分析效率低、需要經(jīng)費(fèi)高叹螟；
5鹃骂、由于細(xì)胞脆弱、RNase活性高罢绽，且生物反應(yīng)快速畏线，組織和細(xì)胞異質(zhì)性的保留是一個(gè)挑戰(zhàn)；
6良价、.……
Single Cell Gene Expression Flex （以下簡(jiǎn)稱Flex）產(chǎn)品的推出完美的解決了上述問題寝殴，樣本固定的同時(shí)鎖定生物學(xué)狀態(tài)，保存脆弱樣本明垢；使樣本可以大規(guī)模蚣常、長(zhǎng)時(shí)間、穩(wěn)定的運(yùn)輸痊银，大規(guī)模樣本可以統(tǒng)一分析抵蚊，減少配對(duì)樣本之間的差異，多樣本同時(shí)實(shí)驗(yàn)減少批次差異；有獨(dú)特的探針設(shè)計(jì)贞绳，探針雜交的同時(shí)可以進(jìn)行樣本標(biāo)記谷醉，實(shí)現(xiàn)多樣本的混樣，一定程度降低成本熔酷；此產(chǎn)品兼容FFPE樣本孤紧。
01?Flex探針及原理介紹
Flex探針結(jié)構(gòu)如下：
Flex檢測(cè)原理不再是傳統(tǒng)的Ploy (dT) 捕獲mRNA Ploy A尾，而是設(shè)計(jì)有專門的一對(duì)探針拒秘，探針分為左臂和右臂兩部分号显，左臂和右臂都是25個(gè)堿基，這50個(gè)堿基可以與待檢測(cè)mRNA結(jié)合躺酒，同時(shí)在右臂設(shè)計(jì)有Probe Barcode押蚤，這是多樣本進(jìn)行標(biāo)記的標(biāo)簽；pCS1（Partial Capture Sequence 1）則可與Gel Bead上一段序列進(jìn)行互補(bǔ)羹应，實(shí)現(xiàn)細(xì)胞Barcode標(biāo)記揽碘。
02?Flex具體建庫(kù)流程
03?Flex實(shí)驗(yàn)流程
Flex可進(jìn)行單樣本分析，也可進(jìn)行多樣本的分析园匹；
單樣本分析可結(jié)合Feature Barcode Technology 檢測(cè)細(xì)胞表面蛋白雳刺，如果檢測(cè)細(xì)胞表面蛋白，需要先將抗體標(biāo)記到細(xì)胞表面裸违，再進(jìn)入到固定流程掖桦，具體流程如下：
多樣本分析提供兩種規(guī)格：4混和16混，具體流程如下：
04?Flex適用樣本類型
產(chǎn)品覆蓋人18,000+個(gè)基因和小鼠19,000+個(gè)基因供汛。對(duì)于FFPE樣本枪汪，通過脫蠟和酶消化結(jié)合的方法將其制備成懸液，采用Flex配套試劑怔昨，即可進(jìn)行FFPE樣本的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序并進(jìn)一步進(jìn)行各種細(xì)胞類型分析雀久。
05?Flex樣本儲(chǔ)存
樣本在固定之后和雜交之后可以進(jìn)行儲(chǔ)存：樣本在固定之后可在4℃最多儲(chǔ)存1周，在-20℃或者-80℃最多儲(chǔ)存1個(gè)月趁舀；樣本在雜交之后可在-20℃或者-80℃最多儲(chǔ)存1個(gè)月赖捌。10X官方對(duì)于固定樣本的儲(chǔ)存穩(wěn)定性做了測(cè)試，結(jié)果如下：
如圖所示矮烹，在樣本固定后不同時(shí)間下巡蘸，主要細(xì)胞類型不受時(shí)間變化的影響，表明樣本在固定后能夠鎖定細(xì)胞的生物學(xué)狀態(tài)擂送，實(shí)現(xiàn)便捷地運(yùn)輸和存儲(chǔ)悦荒，從而緩解單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的對(duì)新鮮樣本相對(duì)苛刻的條件限制。
10x官方也把固定樣本做單細(xì)胞測(cè)序和傳統(tǒng)的3’單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序進(jìn)行了比較嘹吨，結(jié)果如下：
從以上結(jié)果可以看出搬味，兩種方式檢測(cè)的相關(guān)性比較好，并且Flex產(chǎn)品檢測(cè)靈敏度相對(duì)于3’轉(zhuǎn)錄組更高，其基因檢出與傳統(tǒng)的3’轉(zhuǎn)錄組比相對(duì)要高碰纬。
Flex產(chǎn)品規(guī)格小結(jié)
1萍聊、匹配最新Chromium X機(jī)器和New Chip Q（縮短了時(shí)間，在5分半時(shí)間即可實(shí)現(xiàn)油包水過程悦析，傳統(tǒng)的3’和5’單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組需要18min）寿桨；
2、單樣本流程：每個(gè)通道有效分析500-10,000個(gè)細(xì)胞强戴，每張芯片運(yùn)行多達(dá)8個(gè)樣品和80,000個(gè)細(xì)胞亭螟；
3、混樣分析流程：每個(gè)通道可混合分析多達(dá)16個(gè)樣本和128,000個(gè)細(xì)胞; 每張芯片可運(yùn)行128個(gè)樣本和超過100萬個(gè)細(xì)胞骑歹；
4预烙、細(xì)胞大小靈活，無最低限制道媚，但最大不超過30 μm扁掸；
5、兼容細(xì)胞最域、細(xì)胞核和FFPE樣本谴分；
6、細(xì)胞捕獲率高達(dá)65%镀脂；
7牺蹄、低多細(xì)胞率，每1000個(gè)細(xì)胞0.8%狗热；一個(gè)通道充分混樣時(shí)多細(xì)胞率為8%；
8虑省、單樣本試劑盒結(jié)合Feature Barcode Technology匿刮，可檢測(cè)細(xì)胞表面蛋白。
