FFPE樣本即福爾馬林固定石蠟包埋的組織樣本，是臨床上用來保存病理樣本的常用方式乞封，因而具有巨大的研究潛力做裙，但這類樣本在進(jìn)行基因組、轉(zhuǎn)錄組肃晚、蛋白組等領(lǐng)域研究時锚贱，也時常面臨一個問題，即由于蛋白質(zhì)與核酸交聯(lián)而造成的核酸片段化关串，這為后續(xù)樣本的核酸提取和測序等操作帶來了很大的挑戰(zhàn)拧廊。盡管全外顯子組測序等技術(shù)可實現(xiàn)FFPE樣本DNA層面的分析，但FFPE樣本RNA的分析晋修，尤其是scRNA-seq的分析吧碾，一直是研究的難點痛點。
隨著10x?Genomics單細(xì)胞基因表達(dá)Flex（原單細(xì)胞Fixed?RNA測序）等產(chǎn)品的出現(xiàn)墓卦，F(xiàn)FPE樣本單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的研究迎來了新的突破口倦春。單細(xì)胞Flex技術(shù)運用探針捕獲原理，針對人的18,000多個編碼基因設(shè)計了對應(yīng)探針對落剪，捕獲長度為50 bp的靶向RNA睁本，與降解的RNA高度兼容，從而實現(xiàn)FFPE樣本忠怖、PFA固定樣本的單細(xì)胞基因表達(dá)檢測呢堰。
目前，針對FFPE樣本單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究已成功應(yīng)用單細(xì)胞基因表達(dá)Flex技術(shù)脑又，并且獲得較為不錯的研究結(jié)果暮胧，下面帶來FFPE樣本的單細(xì)胞實測數(shù)據(jù)展示。
混樣FFPE單細(xì)胞基因表達(dá)Flex測試
FFPE樣本質(zhì)檢DV200>30%均符合10x?Genomics推薦數(shù)值问麸，各樣本的基因中位數(shù)基本>1000往衷，根據(jù)單細(xì)胞數(shù)據(jù)可以得到較為清晰的細(xì)胞分群結(jié)果，包括各免疫細(xì)胞严卖、內(nèi)皮細(xì)胞席舍、成纖維細(xì)胞、惡性細(xì)胞等哮笆。
同時10x官方也測試了多種類型的人FFPE組織樣本来颤，如腦膠質(zhì)瘤、乳腺癌稠肘、肝癌福铅、前列腺癌、黑色素瘤等项阴，樣本年限1-11年不等滑黔，樣本組織類型不同，基因中位數(shù)在400-1500之間环揽÷缘矗總而言之，單細(xì)胞基因表達(dá)Flex技術(shù)為FFPE樣本研究開啟了一扇新的大門歉胶，這將使得越來越多的回顧性臨床樣本得以進(jìn)行數(shù)據(jù)分析汛兜，讓單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的研究更加靈活。
FFPE樣本送樣建議
樣本來源：人
起始樣本量：石蠟卷至少6卷通今，現(xiàn)切現(xiàn)用粥谬，每卷厚度~25μm，組織截面大于0.5cm2
樣本年限要求：建議20年以內(nèi)衡创，進(jìn)行DV200質(zhì)控帝嗡，DV200>30%的樣本，屬于合格樣本
樣本寄送：可直接郵寄石蠟塊璃氢；或郵寄石蠟卷哟玷，每兩張石蠟卷放入一個1.5mL EP管中，冰袋寄送
