FFPE樣本是臨床上用來保存病理樣本的常用方式，但由于固定過程中蛋白質(zhì)與核酸交聯(lián)造成的核酸片段化他巨，使得樣本的核酸提取與測序等步驟操作困難杰赛。10x Genomics公司單細胞基因表達Flex技術(shù)以及Visium FFPE空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，突破了從FFPE樣本中獲取基因表達信息的障礙薄榛，以高靈敏度和高特異性分析FFPE樣本中相關(guān)基因的表達者吁，這將使得越來越多的回顧性臨床樣本得以進行數(shù)據(jù)分析窘俺。
兩種技術(shù)均為特異性探針雜交捕獲原理，同一套探針庫設(shè)計覆蓋人的18,000多個編碼基因复凳，大部分基因設(shè)計3對探針瘤泪，保證常規(guī)基因檢出的同時提升基因檢測靈敏度灶泵，探針捕獲50bp長度RNA，與降解的RNA高度兼容对途。
Chromium單細胞基因表達Flex測序技術(shù)
FFPE樣本通過脫蠟等處理后解離成核懸液狀態(tài)丘逸，進行探針孵育與捕獲，支持多樣本建庫掀宋，根據(jù)探針上的Probe Barcode序列進行樣本標記與數(shù)據(jù)拆分深纲，混樣同批次操作最大限度減少實驗可變性和批次效應(yīng)。
實測數(shù)據(jù)
產(chǎn)品優(yōu)勢
01?支持混樣建庫劲妙，方便樣本進行批量分析
批量進行單細胞轉(zhuǎn)錄組分析湃鹊，降低實驗批次效應(yīng)，單細胞基因表達Flex芯片單通道支持最多16個樣本混樣
02?特異性探針設(shè)計镣奋，高靈敏度捕獲全轉(zhuǎn)錄組
針對靶基因設(shè)計雜交探針進行捕獲币呵，大部分基因設(shè)計3對探針，部分低表達基因設(shè)計5對探針侨颈，保證基因檢出靈敏度
03?百萬級細胞通量余赢，混樣降低實驗成本
每套探針最高捕獲8k-1w細胞，單張芯片單孔最高可捕獲12.8w個細胞哈垢，整張芯片可實現(xiàn)百萬級細胞通量捕獲妻柒，提高效率的同時大大降低每個樣本的成本
Visium FFPE空間基因表達測序技術(shù)
放置于載玻片上的FFPE組織切片進行脫蠟處理和探針孵育，轉(zhuǎn)片至CytAssist儀器進行透化耘分，探針釋放與捕獲區(qū)域內(nèi)的寡核苷酸引物雜交举塔，使得不同位點（spot）樣本被Spatial Barcode標記捕獲，獲得樣本的組織形態(tài)學(xué)信息和空間基因表達信息求泰。
實測數(shù)據(jù)
產(chǎn)品優(yōu)勢
01?與H&E技術(shù)結(jié)合進行形態(tài)學(xué)分析央渣，充分挖掘珍貴的組織樣本中的信息；
02?DV200檢測要求降低至>30%渴频，實現(xiàn)高度降解FFPE樣本的檢測芽丹，擴展樣本兼容性；
03?更強的組織粘附性卜朗，降低疑難樣本“脫片”的可能拔第；
04?針對靶基因進行3對特異性探針設(shè)計，高靈敏度捕獲全轉(zhuǎn)錄組聊替，基因檢出效率大大增加楼肪；
05?石蠟切片可從標準載玻片“轉(zhuǎn)片”至CytAssist培廓，簡化樣本處理惹悄，讓無法出庫的石蠟塊增添研究可能；
FFPE樣本單細胞&空間聯(lián)合解決方案
FFPE樣本承載著眾多疾病的生物學(xué)信息肩钠，對FFPE樣本的研究有助于研究人員對疾病的發(fā)病機制泣港、治療效果等領(lǐng)域進行更好的探索暂殖。多數(shù)情況下，研究人員會將治療前后或病程較長病人的階段性疾病組織制成FFPE樣本当纱，方便進行回顧性治療比對呛每，下圖展示了以此為研究背景的FFPE樣本單細胞&空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)聯(lián)合解決方案。
應(yīng)用10x公司的單細胞Flex及空間Visum轉(zhuǎn)錄組技術(shù)進行聯(lián)合分析坡氯，是FFPE樣本的優(yōu)先推薦選擇晨横，兩種技術(shù)應(yīng)用同一套探針集，這使得同一樣本基因表達水平具有良好的一致性箫柳，同時一致的分析軟件也使得數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析匹配性更好手形。
應(yīng)用方向
01?腫瘤學(xué)
腫瘤異質(zhì)性 ?腫瘤微環(huán)境 ?腫瘤生長與轉(zhuǎn)移 腫瘤免疫逃逸 治療反應(yīng)與抗性
02?神經(jīng)科學(xué)
神經(jīng)退行性疾病、神經(jīng)免疫悯恍、神經(jīng)損傷修復(fù)
03?免疫學(xué)
免疫浸潤库糠、免疫抑制、免疫耐受涮毫、免疫治療瞬欧、三級淋巴結(jié)構(gòu)、感染免疫
04?病理學(xué)
分子病理學(xué)罢防、免疫病理學(xué)艘虎、解剖病理學(xué)
FFPE樣本制備及送樣建議
單細胞樣本送樣建議
1.優(yōu)先提供石蠟組織包埋塊；
2.石蠟卷咒吐，需提供5μm厚度蠟卷10張用于RNA質(zhì)檢顷帖；25μm厚度蠟卷至少4張用于正式實驗，要求包埋的組織截面面積>0.5cm2渤滞，現(xiàn)切現(xiàn)用贬墩；
3.實驗用蠟卷每2張置于一個EP管內(nèi)，密封后冰袋寄送
空間樣本送樣建議
1.優(yōu)先提供石蠟組織包埋塊妄呕；
2.石蠟切片陶舞，需提供10μm厚度蠟卷至少5張用于RNA質(zhì)檢（同一FFPE樣本質(zhì)檢結(jié)果可與單細胞共用）；5μm厚貼片（陽離子防脫）樣本2-4張用于正式實驗绪励，貼片樣本保存時間不得超過14天
3.貼片密封好后肿孵，冰袋寄送
