『鵝廠號: 生信云筆記』分享生信分析及數(shù)據(jù)可視化相關(guān)的內(nèi)容己莺，歡迎關(guān)注和交流徊件！<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2F1156054203.github.io" target="_blank">https://1156054203.github.io</a>
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Circle-Map 保姆級教程
前言 ??染色體外環(huán)狀DNA(extrachromosomal circular DNA勉吻，eccDNA)父泳，一個科研界的新起之秀俩檬，隨著國際學(xué)術(shù)期刊《Nature》[1][#fn...
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表觀遺傳學(xué): DNA甲基化DNA甲基化是一種被廣泛研究的表觀遺傳修飾方式，與組蛋白修飾等方式一起纲熏，在調(diào)控基因表達(dá)和染色質(zhì)構(gòu)象等方面發(fā)揮了重要作用妆丘。通常地，甲基化DNA指5-甲基胞嘧啶（5mC）局劲，它是在...
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跟著Nature Plants學(xué)作圖：R語言ggplot2畫分組折線圖展示甲基化水平論文 The flying spider-monkey tree fern genome provides insights into fern evolution and ...
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BS-seeker2 CGmaptools 處理DNA甲基化流程
--------------------1. BSseeker2---------------- 安裝BSseeker2 1.1 構(gòu)建針對BS-seq的index 1.BS-...
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WGBS+RNA-seq揭示黃瓜作物的“源-庫”關(guān)系受DNA甲基化調(diào)控作物產(chǎn)量取決于庫（sink勺拣，獲得同化物）的潛力和源（source，供給同化物）的能力鱼填，“源—庫”關(guān)系的優(yōu)化對作物產(chǎn)量調(diào)控具有重要意義药有。黃瓜（Cucumis sativus L...
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R語言ggplot2作圖好看的配色備選配色來源于論文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2[https://www.nature.com/artic...
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【RNA-Seq 實戰(zhàn)】六愤惰、DEG分析首先要獲取表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)： 然后就導(dǎo)入R開始分析吧！ 1 差異分析 airway赘理、DESeq2宦言、edgeR 參考代碼在這里： DESeq_DEG： 繪制熱圖： 繪制火山圖： D...
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RNA-SEQ(四）：火山圖題目：DEseq2差異分析得到的差異基因做火山圖。 目的：火山圖可反映總體基因的表達(dá)情況商模，通過不同的顏色醒目的展示差異基因的情況奠旺。 內(nèi)容：1. 對DEseq2分析得到的差異基...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀施流。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章响疚，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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ATAC-seq 片段長度周期性分布圖參考： 給你bam文件，你會畫插入片段長度分布圖嗎瞪醋？ 糗世界-ATAC-seq 「文獻(xiàn)02」esATAC: 一個ATAC-seq分析的R包 【r<-ggplot2】修改x和y...
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ATAC-seq專題---生信分析流程ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控忿晕、序列比對、峰檢測银受、motif分析践盼、峰注釋、富集分析蚓土，下面將對各部分內(nèi)容進(jìn)行展開講解宏侍。 一、測序數(shù)據(jù)過濾與質(zhì)量評估 ...
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OrthoFinder2：直系同源基因的尋找以及Orthogroup構(gòu)建
OrthoFinder2算法解讀 1）基因樹的構(gòu)建蜀漆， 尋找序列之間的同源關(guān)系（相似度的計算）：diamond谅河，blast，mmseq2 基因樹的推斷：DendroBLAST确丢，...
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用R語言對vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.2 方法簡介目錄 前言[http://www.reibang.com/p/729673778e43] 方法簡介[http://www.reibang.com/p/d9bd081763...
