TRF軟件是基因組注釋中常用于檢測序列中串聯(lián)重復序列的軟件爱榔，無需安裝昔榴，使用簡單方便。 1. 重復序列分為串聯(lián)重復序列和散在重復序列（轉座子）； 串聯(lián)重復序列又包含衛(wèi)星序列 >...
IP屬地：寧夏
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TRF--Tandem Repeat Finder -
BUSCO - 組裝質(zhì)量評估BUSCO - 組裝質(zhì)量評估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額直撤。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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Rosetta 簡易手冊這部手冊的基本思路（如何使用我） 在 Rosetta入門 這一部分哎榴，我記錄了Rosetta能夠解決的生物問題及其使用的抽樣策略，主要包括：如何將你的問題轉化為Rosetta可...
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未來藥物開發(fā)機遇—Druggable Genome
很多生物醫(yī)學研究以及新療法的開發(fā)都集中于極少部分人類基因組违施，還有相當多與疾病相關的蛋白有待開發(fā)互纯，這其中其實蘊藏了很多科研與商業(yè)機會。NIH啟動可成藥基因組項目(Druggab...
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使用HINT-ATAC進行ATAC-Seq的footprinting分析關于ATAC-seq分析磕蒲，在網(wǎng)上看到兩篇關于同一片綜述的翻譯留潦，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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CUT&RUN實驗原理和步驟這篇筆記是記錄CUT&RUN實驗的具體步驟。因為下周就要做CUT&RUN了辣往，首先就要先熟悉一下實驗步驟兔院。雖然有紙質(zhì)版的protocol，但是老板推薦我去試劑盒官網(wǎng)看一下視頻站削，...
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免疫細胞注釋-2：髓系細胞scRNAseq免疫細胞注釋： 免疫細胞注釋-1：T細胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細胞注釋-2：髓系細胞[http...
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免疫學筆記-1 | T細胞分化發(fā)育及其Marker1 關鍵細胞類型或Marker縮寫： 骨髓多能造血干細胞 HSC 淋巴樣祖細胞 lymphoid progenitor cell T細胞抗原識別受體 TCR 抗原提呈細胞 A...
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10X單細胞园细、單核惦积、空間轉錄組揭示腫瘤-微環(huán)境的空間結構與調(diào)控網(wǎng)絡hello，大家好猛频，今天我們繼續(xù)來分享關于10X空間轉錄組在腫瘤方面的研究狮崩，其實也和大家分享過很多次了，強調(diào)腫瘤正常邊界的重要醫(yī)學意義鹿寻，而如果實現(xiàn)這個睦柴，就必須借助空間轉錄組技...
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差異可變剪接軟件哪家強？
作者： 童 蒙編輯：amethyst 可變剪接作為轉錄后修飾的重要環(huán)節(jié)毡熏，對細胞的活性和疾病的發(fā)生發(fā)展都有廣泛的作用爱只。盡管目前軟件很多，但是軟件間的比較卻比較少。作者系統(tǒng)地...
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可變剪切工具的工具和系統(tǒng)評價受人之托恬试，所以又跑到另外一個領域去了窝趣，中文的資料還不是很全，所以還是自己動手吧 可變剪切工具大全 HussainAther/awesome-alternative-splic...
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線粒體相關基因的數(shù)據(jù)庫最近想看線粒體代謝相關基因在自己測序數(shù)據(jù)中是否有差異训柴，找了好久哑舒，沒找到一個合適的基因列表，早上真的是太太幸運啦；媚佟Ｏ赐摇！我搜了下mitochondrial metabolism ...
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Hi-C: Compartment, TAD, LoopsHi-C 數(shù)據(jù)分析主要是來研究染色體的結構的仗嗦，常見的三個空間單位有 Compartment, TAD, Loop 膘滨。 Chromosome compartment TAD L...
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小鬼的m6A圖文復現(xiàn)07-Peak結果以及分布特征圖上一期提到使用exomePeak2進行m6A的Peak Calling火邓，結果如下，每個樣本一個結果： ├── ADDInfo│ ├── ADDInfo_GLM_allDe...
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測序了德撬，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析铲咨，就需要知道每個基因對應什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應關系蜓洪，以及基因與G...
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