個性化生信分析
IP屬地：北京
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慢病毒過表達(dá)轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)常用的病毒載體有腺病毒、逆轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒。逆轉(zhuǎn)錄病毒載體只能感染分裂期細(xì)胞凛俱，而且容量有限箩言，腺病毒一般不能整合到染色體上，只能進(jìn)行瞬時感染富雅。與其它逆轉(zhuǎn)錄病毒相比掸驱，慢病毒（LV...
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ASE（等位基因特異性表達(dá)） —— 完整流程
前段時間，接了老師一個等位基因特異性表達(dá)的任務(wù)没佑，前后再加上其他的分析帶著做毕贼，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一個月蛤奢，終于從原始測序數(shù)據(jù)鬼癣，得到了最終的那張table，具體的內(nèi)容基本已...
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Ribo-seq分析綜述Beyond Read-Counts: Ribo-seq Data Analysis to Understand the Functions of the Transcrip...
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【R語言】Robust Rank Aggregation(RRA)方法介紹RRA（Robust Rank Aggregation）是一種對排名進(jìn)行整合，獲得一個綜合性排名列表的算法痹屹。這個方法最早實(shí)在2012年發(fā)表在Bioinformatics雜志上...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測序分析報告中最為核心的圖片之一春叫。繪制火山圖的方法有許多肩钠，Excel和第三方軟件等，本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個R包演示[1][2]暂殖。橫坐標(biāo)為Fol...
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varianceStabilizingTransformation
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,colData = colData, design = ~ group_l...
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鏈特異性建庫測序原理
RNA-seq基本流程 下圖是一個大概的RNA-seq基本流程 [圖片上傳失敗...(image-8ca9c-1586161495252)] 把RNA破碎成小片段价匠，然后將RN...
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Featurecounts：比對計數(shù)工具
按道理霞怀，featurecount應(yīng)該是轉(zhuǎn)錄組分析中最基本的工具，但由于沒有深挖其中的參數(shù)莉给，前段時間在用它處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時還是吃了大虧”惺現(xiàn)在將一些常用的參數(shù)記錄下來： 首先在計...
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2022-07-28 判斷是否是鏈特異性文庫測序
利用RseQC進(jìn)行判斷廉沮，其python小腳本infer_experiment.py可以幫助我們判斷鏈特異性測序。 準(zhǔn)備bed文件： convert2bed convert2b...
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整理得好清晰徐矩，感謝滞时！請問一下STAR比對時，stranded 或un-stranded的比對方時需要怎么調(diào)整才適合尋找新轉(zhuǎn)錄本鑒定呢
一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?
小小的眼睛里滤灯，裝著……大大的疑惑 全文2800字坪稽，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded鳞骤、un-stranded 這個問題的理解給...
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一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里窒百，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded豫尽、reverse-stranded篙梢、un-stranded 這個問題的理解給...
