2018年的Nature 上公開了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治療隊列數(shù)據(jù)锅锨，而這份數(shù)據(jù)就儲存在IMvigor210CoreBiologies包中硫狞。下面就來學(xué)習(xí)下吧 1.I...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反應(yīng) -
非負矩陣分解（NMF）應(yīng)用于scRNAseq的細胞分群NMF算法簡介 非負矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為票编，對于任意給定的一個非負矩陣V廉侧，NMF算法能夠找到...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之NMF（非負矩陣分解）
今天我們來學(xué)習(xí)一個簡單的數(shù)學(xué)內(nèi)容遭垛，NMF NMF算法簡介 NMF是什么冰悠？ 非負矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本質(zhì)上說...
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神兵利器——單細胞細胞類群基因marker鑒定新方法：COSG在單細胞數(shù)據(jù)分析當中，當我們聚類分群完成之后褐奴，緊接著就是細胞類型注釋按脚，細胞類型的注釋就離不開 基因marker ，即在目標細胞類群和其它細胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達模式特征的基...
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ROGUE：計算單細胞數(shù)據(jù)中細胞群的純度（異質(zhì)性）在非監(jiān)督的單細胞數(shù)據(jù)分析中敦冬，給定細胞cluster的均一性往往是不清楚的辅搬，也就是說我們并不知道分出的一個cluster中是否是一種細胞，還是依然包含了多種細胞脖旱。因此有人提出了...
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TCGA微衛(wèi)星不穩(wěn)定灶（MSI）數(shù)據(jù)處理基本概念 微衛(wèi)星(Microsatellite)：基因組中的一類短串聯(lián)重復(fù)DNA序列伞辛，一般由1-6個核苷酸組成烂翰，呈串聯(lián)重復(fù)排列。由于其核心重復(fù)單元重復(fù)次數(shù)差異蚤氏，微衛(wèi)星具有群體...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸甘耿；2. Cox多因素回歸；3. 隨機森林竿滨；4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨做模型構(gòu)建佳恬，也...
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AUCell：計算單細胞轉(zhuǎn)錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞毁葱。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
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DoRothEA：scRNAseq轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測工具在看文獻Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
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單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程單細胞GSEA分析需要的文件有兩個：1. 單細胞基因表達變化數(shù)據(jù)（兩列最欠，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目標基因集（...
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hdWGCNA：單細胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.reibang.com/p/9331eb5377d1] 單細胞WGCNA分析方法+隨機森林[https://www.jian...
