遺傳學(xué) 博士研究生在讀
IP屬地：廣東
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細節(jié)，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可难裆。太多的細節(jié)，只會讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細節(jié)就被我們刻...
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全解TOmicsVis完美應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組可視化R包1. TOmicsVis R包簡介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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鏈特異性建庫如何區(qū)分正負(fù)鏈？寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更斟赚，我明白了一個道理着降，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號，我似乎都習(xí)慣了懶惰拗军，文章不想更了任洞，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑发侵，一...
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Nature Reviews Genetics20周年? 綜述評論review合集Nature Reviews Genetics 20 周年 review合集非常不錯交掏，整理了最近幾十年一系列前沿領(lǐng)域的綜述、評論等刃鳄，像之前關(guān)于RNA-SEQ非常熱門的綜述文章...
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RNAseq常規(guī)流程轉(zhuǎn)錄組分析是生信分析的一個基礎(chǔ)和常見的分析流程，一般從下機數(shù)據(jù)開始遂鹊，經(jīng)過一系列的質(zhì)控振乏，基因組比對，差異分析等過程得到實驗組與對照組（或者腫瘤中的轉(zhuǎn)移組和原癌組）中差異表達的基...
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比對軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對）邻储，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR赋咽。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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2020-01-31 RNA-seq 鏈特異性文庫 lncRNA 理解本次主要來理解一下什么是鏈特異性文庫，為什么要構(gòu)建這種文庫吨娜。 首先要明確幾個概念脓匿，對理解后面的講解很有幫助： 基本概念 正鏈（forward strand）: 我們可以理解為...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 ??HiC-seq可以用來研究基因組范圍內(nèi)的染色體片段之間的交互情況，這其中會涉及到染色質(zhì)區(qū)室(A/B compartments)的變化情況宦赠。HiC的相關(guān)概念這里不...
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聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科勾扭，定期分享理論教程與應(yīng)用實踐等毡琉。
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HiC 數(shù)據(jù)堆積熱圖工具--coolpup.py最近看到的一個新的繪制HiC數(shù)據(jù)熱圖的工具桅滋，記錄一下. 安裝1.1 創(chuàng)建新環(huán)境 1.2 pip安裝 輸入 coolpup.py -v 查看軟件版本. 使用2.1 利用bed文...
