請問大佬如何安裝的呢虫蝶？
使用cellassign包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析（二）：Assigning single-cells to known cell types with CellAssignBasic usage 這里多糠，我們使用cellassign包自帶的示例數(shù)據(jù)簡單演示其基本用法念赶。首先肥印，加載相關(guān)的R包和示例數(shù)據(jù)： 接下來瘩绒，我們計算每個細(xì)胞的size facto...
R_tips_1: ggplot作圖顯示中文1列牺、問題描述 ggplot2是R語言中最知名的可視化軟件包，但是該包繪制圖形中划纽，中文顯示會出現(xiàn)異常脆侮，例如： 可以看到，我們設(shè)置的X軸勇劣、Y軸以及題目都顯示為一個個方塊靖避。 2、解...
所以字體文件從哪下比默？
R_tips_1: ggplot作圖顯示中文1幻捏、問題描述 ggplot2是R語言中最知名的可視化軟件包，但是該包繪制圖形中命咐，中文顯示會出現(xiàn)異常篡九，例如： 可以看到，我們設(shè)置的X軸醋奠、Y軸以及題目都顯示為一個個方塊榛臼。 2、解...
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱窜司，簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
簡介 CIBERSORT這款軟件利用反卷積的方法沛善，利用單細(xì)胞RNA-seq的數(shù)據(jù)，提取特征后塞祈，反推Bulk-seq各類細(xì)胞成分所占比例金刁。這款軟件目前推出了CIBERSORTx...
請問為何在進(jìn)行pbmc <- ScaleData(pbmc, split.by = "batch", do.center = FALSE)這一步胀葱，需要指定split.by這個參數(shù)呢漠秋？
單細(xì)胞筆記7-scRNA-seq去除批次效應(yīng)的方法總結(jié)Seurat Seurat整合流程與原理 使用CCA分析將兩個數(shù)據(jù)集降維到同一個低維空間笙蒙，因為CCA降維之后的空間距離不是相似性而是相關(guān)性，所以相同類型與狀態(tài)的細(xì)胞可以克服技...
今天我們測試一下軟件scVelo求晶，這個軟件應(yīng)該很多人都用過了焰雕，但是玩的好的人，應(yīng)該沒幾個芳杏。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
@金戈大王 哦哦哦哦好的，感謝你的回復(fù)吝秕。
OpenCV提取ORB特征并匹配一泊脐、什么是特征？ 圖像的特征（Feature）烁峭，是圖像上最具代表性的一些點容客。所謂最具代表性，就是說這些點包含了圖像表述的大部分信息约郁。即使旋轉(zhuǎn)缩挑、縮放，甚至調(diào)整圖像的亮度鬓梅，這些點...
你好调煎，非常感謝你的分項。我有個問題想請教你：有很多張包含了很多個圓圈的圖片己肮，這些圓圈本應(yīng)該是按照一定的規(guī)則排布的士袄，但真實情況不是。我希望判斷這些圖片中那張圖片最規(guī)則谎僻。請問我是否可以手動創(chuàng)建一個“絕對正確的模板圖片”娄柳，然后用這個模板圖片與那些圖片進(jìn)行比較，通過ORB特征并匹配來判斷最優(yōu)的呢艘绍？
期待你的回復(fù)赤拒，感謝。
OpenCV提取ORB特征并匹配一诱鞠、什么是特征挎挖？ 圖像的特征（Feature），是圖像上最具代表性的一些點航夺。所謂最具代表性蕉朵，就是說這些點包含了圖像表述的大部分信息。即使旋轉(zhuǎn)阳掐、縮放始衅，甚至調(diào)整圖像的亮度，這些點...
--un的輸出是不是應(yīng)該是 沒有比對上的reads結(jié)果呢调卑？參數(shù)說明是是這個：--un <filename>
Write all reads that could not be aligned to a file with name <filename>.
如何處理NGS數(shù)據(jù)中的污染？本次文章和大家討論一個大家可能胡遇到很常見的一個問題大咱，在測序中我們很難避免引入一些微生物污染或者人類的污染恬涧，例如，我想測序擬南芥碴巾，其中由于實驗員的操作不夠干凈溯捆，很容易引入一些...
@追風(fēng)少年你好，我有關(guān)于sureat轉(zhuǎn)scanpy的問題想請教你厦瓢，希望可以得到你的幫助提揍。首先，我希望基于seurat的降維和聚類結(jié)果進(jìn)行后續(xù)的RNA速率分析煮仇，于是按照你說的把seurat的降維數(shù)據(jù)導(dǎo)出賦給scanpy成功了劳跃。然后，我的數(shù)據(jù)有兩個分組浙垫，每個分組有四個重復(fù)刨仑，我覺得應(yīng)該將同一組的四個重復(fù)合并起來做RNA率分析，于是期望使用scv.utils.merge進(jìn)行合并但并沒有成功夹姥，合并之后細(xì)胞數(shù)目反而變得很少杉武，于是我想到使用seurat來進(jìn)行合并作為scanpy的輸入，操作為使用Seurat讀入同一分組的四個loom文件使用merge進(jìn)行合并辙售，然后將合并的seurat對象使用SeuratDisk轉(zhuǎn)為h5Seurat轻抱，再使用Convert轉(zhuǎn)為h5ad格式。接著使用scanpy的read_h5ad讀入這個合并的h5ad圾亏，可是我發(fā)現(xiàn)讀入的文件缺少layers文件十拣，無法執(zhí)行scvelo的后續(xù)分析封拧，后續(xù)我發(fā)現(xiàn)Convert可以指定seurat的某一個assasys志鹃，但scvelo的分析需要unspliced和spliced。請問：我該如何解決多樣本合并的問題呢泽西？希望你可以給出一點點建議曹铃，感謝??????
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）RNA速率分析之scVelo今天我們測試一下軟件scVelo，這個軟件應(yīng)該很多人都用過了捧杉，但是玩的好的人陕见，應(yīng)該沒幾個秘血。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
你好，請問用pytho讀入之后adata = scanpy.read_h5ad("pbmc3k.h5ad")评甜，seurat中的assays去了scanpy的哪里呢灰粮？
Seurat對象、SingleCellExperiment對象和scanpy對象的轉(zhuǎn)化Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
