用于記錄學(xué)習(xí)過程中的重要內(nèi)容醉鳖，以及一些遇見的問題和解決辦法塌碌。
IP屬地：廣東
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不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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使用jcvi基于wgdi的共線性結(jié)果(-icl)繪制點圖
在如何用WGDI進行共線性分析(上)[http://www.reibang.com/p/a50548e81ac0], 我們基于blastp的結(jié)果繪制了點圖，之后用 -icl...
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使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.忘了是在那篇文獻看到的氮趋，用了Agora伍派，再把Agora的輸出結(jié)果喂給ANGEsAgora和ANGEs都是構(gòu)建祖先核型的軟件個人實測是Agora構(gòu)建的結(jié)果太碎了, ANGE...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程昵观，以菜鳥干貨為主晾腔，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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fastsimcoal2推斷群體演化歷史(Demographic history)1. 群體演化歷史分析的案例： 群體演化包括有效群體大小(Ne)變化、基因流啊犬，遷徙灼擂，分化等，會對等位基因頻率產(chǎn)生顯著影響觉至，塑造了現(xiàn)有遺傳多樣性的模式和水平剔应。群體演化、遺傳漂變...
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神奇的R包~spiralize~將常規(guī)的矩形圖畫成螺旋形偶然間發(fā)現(xiàn)了下面這個圖的代碼和數(shù)據(jù) 這個圖的代碼和數(shù)據(jù)的鏈接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
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基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細分為六部分： 獲取每個基因?qū)?yīng)的最長編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時間推斷 基因家族...
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對miRNA進行靶標預(yù)測分析時峻贮，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫席怪。通常對miRNA預(yù)測以3'UTR區(qū)域為主，這就需要對轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫進行UTR區(qū)域的提取月洛。我在之前寫...
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GATK檢測變異流程（GATK 4.1.3.0）
目的：從測序數(shù)據(jù)(clean reads) 到樣本的GVCF文件何恶。利用bwa，samtools嚼黔，和GATK 獲得每個樣本的GVCF文件细层。
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mcmctree估計物種的分化時間mcmctree需要3個輸入文件 多序列比對的phy格式文件（注意：這個phy和一般軟件的phy不太一樣）使用腳本把多序列比對的fa格式轉(zhuǎn)為phy格式 準備包含2個物種之間的...
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生信分析22：完整的轉(zhuǎn)座子注釋流程本次推送是文獻分享22的對應(yīng)內(nèi)容。我與生信唬涧，公眾號：我與生信文獻分享22：泛基因組解析柑橘亞科進化以及柑橘果實中檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[http://mp.weixin.qq....
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plink 進行PCA分析當(dāng)我們進行群體分析時疫赎，獲得vcf文件后，可以根據(jù)變異位點對這些樣本進行PCA分析碎节，現(xiàn)簡單介紹 1捧搞、軟件安裝 2、簡單操作 本次使用train.vcf.gz 作為例子 第一步：...
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WGDI - 推斷祖先核型0.僅作個人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂具體每個參數(shù)的含義參照官方文檔, 這里全部用默認參數(shù)https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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在注釋庫構(gòu)建的第一步里狮荔，grep "^name:" go-basic.obo |awk '{print $2}' > GO.name 胎撇，最好不要直接print $2，這樣會導(dǎo)致只有一個單詞進入GO.class中殖氏，可以直接sed掉name:
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）
比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
