用于記錄學(xué)習(xí)過(guò)程中的重要內(nèi)容，以及一些遇見的問(wèn)題和解決辦法壁涎。
IP屬地：廣東
-
-
不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書鎖了
-
宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
-
使用jcvi基于wgdi的共線性結(jié)果(-icl)繪制點(diǎn)圖
在如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(上)[http://www.reibang.com/p/a50548e81ac0], 我們基于blastp的結(jié)果繪制了點(diǎn)圖洽损，之后用 -icl...
-
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.忘了是在那篇文獻(xiàn)看到的庞溜，用了Agora，再把Agora的輸出結(jié)果喂給ANGEsAgora和ANGEs都是構(gòu)建祖先核型的軟件個(gè)人實(shí)測(cè)是Agora構(gòu)建的結(jié)果太碎了, ANGE...
-
-
主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過(guò)程漫试，以菜鳥干貨為主，大家有問(wèn)題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
-
fastsimcoal2推斷群體演化歷史(Demographic history)1. 群體演化歷史分析的案例： 群體演化包括有效群體大小(Ne)變化碘赖、基因流驾荣，遷徙，分化等普泡，會(huì)對(duì)等位基因頻率產(chǎn)生顯著影響播掷，塑造了現(xiàn)有遺傳多樣性的模式和水平。群體演化撼班、遺傳漂變...
-
神奇的R包~spiralize~將常規(guī)的矩形圖畫成螺旋形偶然間發(fā)現(xiàn)了下面這個(gè)圖的代碼和數(shù)據(jù) 這個(gè)圖的代碼和數(shù)據(jù)的鏈接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
-
基因家族擴(kuò)張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長(zhǎng)編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...
-
利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS歧匈、UTR序列
前言：在對(duì)miRNA進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測(cè)分析時(shí)，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫(kù)砰嘁。通常對(duì)miRNA預(yù)測(cè)以3'UTR區(qū)域?yàn)橹骷@就需要對(duì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行UTR區(qū)域的提取勘究。我在之前寫...
-
GATK檢測(cè)變異流程（GATK 4.1.3.0）
目的：從測(cè)序數(shù)據(jù)(clean reads) 到樣本的GVCF文件。利用bwa斟冕，samtools口糕，和GATK 獲得每個(gè)樣本的GVCF文件。
-
mcmctree估計(jì)物種的分化時(shí)間mcmctree需要3個(gè)輸入文件 多序列比對(duì)的phy格式文件（注意：這個(gè)phy和一般軟件的phy不太一樣）使用腳本把多序列比對(duì)的fa格式轉(zhuǎn)為phy格式 準(zhǔn)備包含2個(gè)物種之間的...
-
生信分析22：完整的轉(zhuǎn)座子注釋流程本次推送是文獻(xiàn)分享22的對(duì)應(yīng)內(nèi)容磕蛇。我與生信走净，公眾號(hào)：我與生信文獻(xiàn)分享22：泛基因組解析柑橘亞科進(jìn)化以及柑橘果實(shí)中檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[http://mp.weixin.qq....
-
plink 進(jìn)行PCA分析當(dāng)我們進(jìn)行群體分析時(shí)，獲得vcf文件后孤里，可以根據(jù)變異位點(diǎn)對(duì)這些樣本進(jìn)行PCA分析，現(xiàn)簡(jiǎn)單介紹 1橘洞、軟件安裝 2捌袜、簡(jiǎn)單操作 本次使用train.vcf.gz 作為例子 第一步：...
-
WGDI - 推斷祖先核型0.僅作個(gè)人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂具體每個(gè)參數(shù)的含義參照官方文檔, 這里全部用默認(rèn)參數(shù)https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
-
在注釋庫(kù)構(gòu)建的第一步里，grep "^name:" go-basic.obo |awk '{print $2}' > GO.name 炸枣，最好不要直接print $2虏等，這樣會(huì)導(dǎo)致只有一個(gè)單詞進(jìn)入GO.class中，可以直接sed掉name:
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）
比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
