在如何用WGDI進行共線性分析(上)[http://www.reibang.com/p/a50548e81ac0], 我們基于blastp的結果繪制了點圖韩容，之后用 -icl...
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使用jcvi基于wgdi的共線性結果(-icl)繪制點圖
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使用Agora/ANGEs構建祖先核型0.忘了是在那篇文獻看到的耸别，用了Agora，再把Agora的輸出結果喂給ANGEsAgora和ANGEs都是構建祖先核型的軟件個人實測是Agora構建的結果太碎了, ANGE...
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fastsimcoal2推斷群體演化歷史(Demographic history)1. 群體演化歷史分析的案例： 群體演化包括有效群體大小(Ne)變化抗斤、基因流肾筐，遷徙枫疆，分化等，會對等位基因頻率產生顯著影響籽暇，塑造了現有遺傳多樣性的模式和水平温治。群體演化、遺傳漂變...
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神奇的R包~spiralize~將常規(guī)的矩形圖畫成螺旋形偶然間發(fā)現了下面這個圖的代碼和數據 這個圖的代碼和數據的鏈接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
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基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細分為六部分： 獲取每個基因對應的最長編碼區(qū)轉錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時間推斷 基因家族...
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利用TransDecoder提取轉錄本CDS戒悠、UTR序列
前言：在對miRNA進行靶標預測分析時熬荆，需要特定物種的轉錄本作為靶向的數據庫。通常對miRNA預測以3'UTR區(qū)域為主绸狐，這就需要對轉錄本數據庫進行UTR區(qū)域的提取卤恳。我在之前寫...
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GATK檢測變異流程（GATK 4.1.3.0）
目的：從測序數據(clean reads) 到樣本的GVCF文件。利用bwa寒矿，samtools突琳，和GATK 獲得每個樣本的GVCF文件。
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mcmctree估計物種的分化時間mcmctree需要3個輸入文件 多序列比對的phy格式文件（注意：這個phy和一般軟件的phy不太一樣）使用腳本把多序列比對的fa格式轉為phy格式 準備包含2個物種之間的...
