空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析方法，有基于差異基因映射的多模式相交分析（Multimodal Intersection Analysis, MIA）[1]，基于marker...
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干貨 | 空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組整合分析方法 -
空間轉(zhuǎn)錄組2022||空間數(shù)據(jù)反卷積RCTD分析：細(xì)胞類型鑒定參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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空間轉(zhuǎn)錄組教程|| stLearn ：空間軌跡推斷空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的運(yùn)用[http://www.reibang.com/p/4804574c7838]Giotto|| 空間表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具箱[https://www....
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Motif中的PWM矩陣PWM矩陣是表示motif的一種方式扔嵌，全稱是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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homer安裝和使用
介紹 安裝 1.下載homer文件 網(wǎng)址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下載其中名為configureHomer.pl的...
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Mac添加環(huán)境變量（詳）
macOS 下環(huán)境變量的配置文件 /etc/profile 和 /etc/paths 是系統(tǒng)級(jí)別的配置文件，后面幾個(gè)是用戶級(jí)的配置文件磨淌。 文件加載順序： 系統(tǒng)啟動(dòng)時(shí)會(huì)按上面羅...
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生物數(shù)據(jù)格式 - bed格式 BED格式文件全稱是 Browser Extensible Data琐驴，通過規(guī)定行的內(nèi)容來展示注釋信息饭冬。bed文件可以作為一個(gè)特征標(biāo)識(shí)符灾馒， 來快速查找感興趣的基因組區(qū)域茎用，...
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DNA鏈方向上的小疑惑
雖然是做生物信息的，但是經(jīng)常被一些基礎(chǔ)性概念所困擾……而我又是一個(gè)強(qiáng)迫癥睬罗，于是把這些亂七八糟的東西整理了一下轨功，強(qiáng)行寫了一篇小文章。東西太雜容达，但是彼此相關(guān)古涧，實(shí)在想不到什么合適的...
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Seurat包------標(biāo)準(zhǔn)流程單細(xì)胞學(xué)習(xí)入門教程羡滑，里面的東西可以反復(fù)琢磨，標(biāo)準(zhǔn)分析基本上就這么多內(nèi)容算芯。教程中提到了大量的資源介紹柒昏，參數(shù)含義解讀，甚至高級(jí)部分的簡(jiǎn)潔版算法介紹也祠，結(jié)果解讀，可視化方法近速，以及數(shù)據(jù)...
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linux 查看磁盤剩余空間的命令不同于windows诈嘿，linux查看硬盤剩余多少空間堪旧，是通過命令查看。 Linux磁盤管理常用三個(gè)命令為df奖亚、du和fdisk淳梦。df：列出文件系統(tǒng)的整體磁盤使用量du：檢查磁...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應(yīng)（batch effect）去除在單細(xì)胞分析當(dāng)中，經(jīng)常會(huì)遇到整合分析的問題昔字，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(yīng)（batch effect）爆袍，那么什么是批次效應(yīng)呢？簡(jiǎn)而言之作郭，批次效應(yīng)就是由于不同時(shí)間陨囊、不同實(shí)驗(yàn)人員...
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單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享夹攒。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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小試牛刀——學(xué)會(huì)開Seurat函數(shù)“盲盒”
水有源蜘醋，故其流不窮；木有根咏尝，故其生不窮压语。 長(zhǎng)期以來，我們的單細(xì)胞分析僅僅停留在調(diào)包编检、套函數(shù)胎食、……，這個(gè)過程會(huì)“蒙住”我們的眼睛允懂，有些時(shí)候我們需要知道每個(gè)函數(shù)究竟在干什么才能夠...
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R四大高效編程神器——apply家族
本節(jié)提要：apply()函數(shù)sapply()函數(shù)lapply()函數(shù)tapply()函數(shù) 熟悉R編程的人都知道R語言的apply家族厕怜，而R語言入門容易，簡(jiǎn)單學(xué)一學(xué)就能寫出一些...
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【技能】使用Python提取基因結(jié)構(gòu)bed文件
為了方便提取基因結(jié)構(gòu)累驮，寫了一個(gè)簡(jiǎn)單的Python腳本酣倾，支持提取： exon intron UTR CDS start codon end codon 其中關(guān)于起始終止密碼子的...
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Play with data：批量讀取合并數(shù)據(jù)Bio_Infor回歸帖 這是一篇十分簡(jiǎn)短的帖子谤专，但我仍然覺得它很有用躁锡，直到你需要它時(shí)，你可能會(huì)有和我一樣的感受置侍。 背景介紹 現(xiàn)在我們有1000個(gè)文件映之，這些文件的列信息類型一...
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生物中的數(shù)學(xué)【二】為什么你的文庫總是充滿PCR duplicates？前言 PCR duplicate在NGS文庫中是再常見不過的名詞蜡坊，對(duì)于需要自己建庫的小伙伴來說可能會(huì)被折磨的“痛不欲生”杠输，這篇帖子，我希望能用自己弱的不能再弱的數(shù)學(xué)知識(shí)加上一...
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Literature Review(1): A short but comprehensive comparison about tSNE, UMAP and PCA最近又有大佬發(fā)Nature Protocols了秕衙，題目為Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcripto...
