空間轉錄組和單細胞轉錄組聯(lián)合分析方法，有基于差異基因映射的多模式相交分析（Multimodal Intersection Analysis, MIA）[1]声搁，基于marker...
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干貨 | 空間轉錄組和單細胞轉錄組整合分析方法 -
空間轉錄組2022||空間數(shù)據(jù)反卷積RCTD分析：細胞類型鑒定參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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空間轉錄組教程|| stLearn ：空間軌跡推斷空間信息在空間轉錄組中的運用[http://www.reibang.com/p/4804574c7838]Giotto|| 空間表達數(shù)據(jù)分析工具箱[https://www....
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Motif中的PWM矩陣PWM矩陣是表示motif的一種方式掖看，全稱是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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homer安裝和使用
介紹 安裝 1.下載homer文件 網(wǎng)址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下載其中名為configureHomer.pl的...
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Mac添加環(huán)境變量（詳）
macOS 下環(huán)境變量的配置文件 /etc/profile 和 /etc/paths 是系統(tǒng)級別的配置文件，后面幾個是用戶級的配置文件庙楚。 文件加載順序： 系統(tǒng)啟動時會按上面羅...
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生物數(shù)據(jù)格式 - bed格式 BED格式文件全稱是 Browser Extensible Data上荡，通過規(guī)定行的內容來展示注釋信息。bed文件可以作為一個特征標識符， 來快速查找感興趣的基因組區(qū)域酪捡，...
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DNA鏈方向上的小疑惑
雖然是做生物信息的叁征，但是經(jīng)常被一些基礎性概念所困擾……而我又是一個強迫癥，于是把這些亂七八糟的東西整理了一下逛薇，強行寫了一篇小文章捺疼。東西太雜，但是彼此相關永罚，實在想不到什么合適的...
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Seurat包------標準流程單細胞學習入門教程呢袱，里面的東西可以反復琢磨官扣，標準分析基本上就這么多內容。教程中提到了大量的資源介紹羞福，參數(shù)含義解讀醇锚，甚至高級部分的簡潔版算法介紹，結果解讀坯临，可視化方法焊唬，以及數(shù)據(jù)...
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linux 查看磁盤剩余空間的命令不同于windows，linux查看硬盤剩余多少空間看靠，是通過命令查看赶促。 Linux磁盤管理常用三個命令為df、du和fdisk挟炬。df：列出文件系統(tǒng)的整體磁盤使用量du：檢查磁...
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單細胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應（batch effect）去除在單細胞分析當中鸥滨，經(jīng)常會遇到整合分析的問題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應（batch effect）谤祖，那么什么是批次效應呢婿滓？簡而言之，批次效應就是由于不同時間粥喜、不同實驗人員...
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單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現(xiàn)凸主，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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小試牛刀——學會開Seurat函數(shù)“盲盒”
水有源额湘，故其流不窮卿吐；木有根，故其生不窮锋华。 長期以來嗡官，我們的單細胞分析僅僅停留在調包、套函數(shù)毯焕、……衍腥，這個過程會“蒙住”我們的眼睛，有些時候我們需要知道每個函數(shù)究竟在干什么才能夠...
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R四大高效編程神器——apply家族
本節(jié)提要：apply()函數(shù)sapply()函數(shù)lapply()函數(shù)tapply()函數(shù) 熟悉R編程的人都知道R語言的apply家族，而R語言入門容易婆咸，簡單學一學就能寫出一些...
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【技能】使用Python提取基因結構bed文件
為了方便提取基因結構竹捉，寫了一個簡單的Python腳本，支持提壬玫ⅰ： exon intron UTR CDS start codon end codon 其中關于起始終止密碼子的...
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Play with data：批量讀取合并數(shù)據(jù)Bio_Infor回歸帖 這是一篇十分簡短的帖子活孩，但我仍然覺得它很有用，直到你需要它時乖仇，你可能會有和我一樣的感受憾儒。 背景介紹 現(xiàn)在我們有1000個文件，這些文件的列信息類型一...
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生物中的數(shù)學【二】為什么你的文庫總是充滿PCR duplicates乃沙？前言 PCR duplicate在NGS文庫中是再常見不過的名詞起趾，對于需要自己建庫的小伙伴來說可能會被折磨的“痛不欲生”，這篇帖子警儒，我希望能用自己弱的不能再弱的數(shù)學知識加上一...
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Literature Review(1): A short but comprehensive comparison about tSNE, UMAP and PCA最近又有大佬發(fā)Nature Protocols了训裆，題目為Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcripto...
