一、流程概括 RNA-seq原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估 低質(zhì)量測序數(shù)據(jù)的過濾和清除 過濾后數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估 reads比對基因組和轉(zhuǎn)錄組 計數(shù)和定量 二诬垂、準(zhǔn)備工作 注釋文件和基因組文件...
發(fā)簡信
IP屬地：西藏
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小鼠轉(zhuǎn)錄組測序上游數(shù)據(jù)分析 -
@黃甫一 對應(yīng)report中得到final clonetype count時用到的reads數(shù)目劲室，看一下analysis部分的report就好。
免疫組庫分析軟件MiXCR的安裝和使用
安裝 conda安裝 普通安裝 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系統(tǒng)上使用linuxbrew安裝 將已經(jīng)安裝的MiXCR更新到最新版本 手動安裝 在r...
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Note: If you have downloaded the stand alone version of the tool before Maj 1, 2020, please download the data file again from data.tar.gz. The earlier file was missing a few pre-calculated files to estimate percentile rank values.
根據(jù)網(wǎng)站的注釋结窘，2020以前的版本缺少一些預(yù)計算的文件很洋，需要到https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetMHCIIpan-4.0下載腫瘤新生抗原預(yù)測軟件和參數(shù)選擇
癌癥疫苗靶向腫瘤細(xì)胞的抗原可以大致分為兩類：腫瘤相關(guān)性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及腫瘤特異性抗原（tumor-specific a...
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一般生存分析會選擇生存時間大于30天的數(shù)據(jù)
KM生存分析如何取最佳的cutoff
KM生存分析 如何取最佳cutoff KM生存分析中通常取中位值作為cutoff，但也并不一定是這樣 必要時可以選擇最佳的cutoff值隧枫，如何實現(xiàn)喉磁？ ### survival...
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挺早以前翻譯的了谓苟，等時間充裕的時候把其他的補上。
Bioinformatics Data Skills
第十章 使用序列數(shù)據(jù) 生物信息學(xué)的核心問題之一是處理大量的（通常定義糟糕或模糊）文件格式协怒。久而久之涝焙，一些特定的簡單的人類可讀的格式成為了事實上的標(biāo)準(zhǔn)。彼得·科克等, 2010...
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腫瘤新生抗原預(yù)測軟件和參數(shù)選擇癌癥疫苗靶向腫瘤細(xì)胞的抗原可以大致分為兩類：腫瘤相關(guān)性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及腫瘤特異性抗原（tumor-specific a...
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免疫組庫分析軟件MiXCR的安裝和使用安裝 conda安裝 普通安裝 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系統(tǒng)上使用linuxbrew安裝 將已經(jīng)安裝的MiXCR更新到最新版本 手動安裝 在r...
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腫瘤TMB的計算原理和數(shù)學(xué)模型
美國FDA目前批準(zhǔn)了3個檢測腫瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES斤讥、MSK-IMPACT纱皆、FMI。如果按實驗流程及操作...
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第10章 具有共同參照的雙色實驗
10.1 背景介紹 現(xiàn)在考慮一個雙色微陣列實驗芭商，其中所有的陣列都使用了通用參照。如果在整個實驗中將相同的通道作為通用參照搀缠，則可以對表達(dá)值的log-ratios進(jìn)行精確分析铛楣，就...
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第9章 單通道實驗設(shè)計
9.1 背景介紹 與早期的微陣列不同，大多數(shù)數(shù)據(jù)現(xiàn)在都是單通道類型艺普。單通道數(shù)據(jù)來自流行的微陣列技術(shù)簸州，如Affymetrix，Illumina或Agilent歧譬。RNA-Seq的...
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第8章 線性模型概述
8.1 背景介紹 limma軟件包使用稱為線性模型的方法來分析設(shè)計的微陣列實驗岸浑。這種方法允許分析非常一般的實驗，就像分析簡單的重復(fù)實驗一樣容易瑰步。這種方法在[42, 55]中進(jìn)...
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第7章 過濾
我們通常建議將微陣列平臺上的所有探針進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理矢洲。 對于下游分析，通常需要刪除那些看起來在任何實驗條件下都不表達(dá)的探針缩焦。這被稱為過濾读虏。我們一般建議在線性建模和經(jīng)驗貝葉斯步驟...
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第6章 雙色數(shù)據(jù)預(yù)處理6.1 背景校正 默認(rèn)的背景校正是從每個點的前景強度減去背景強度。如果RGList對象沒有經(jīng)過背景校正袁滥，那么normalizeWithinArrays將在默認(rèn)情況下執(zhí)行此操作...
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第5章 質(zhì)量評估在任何微陣列數(shù)據(jù)的分析中盖桥，一個重要步驟是檢查該陣列數(shù)據(jù)的質(zhì)量。對于雙色陣列數(shù)據(jù)题翻，一個重要步驟是查看每個陣列未標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)的MA曲線揩徊。plotMD()函數(shù)生成單獨的陣列圖[33]...
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第4章 讀取微陣列數(shù)據(jù)4.1 本章范圍 本章涵蓋除Affymetrix以外的大多數(shù)微陣列類型。從Affymetrix GeneChips讀取數(shù)據(jù)嵌赠，請使用affy塑荒，gcrma或aroma.affym...
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第3章 快速入門
3.1 R語言簡介 R是一種統(tǒng)計計算程序。它是一種命令驅(qū)動語言猾普，也就是說袜炕，你必須在其中鍵入命令，而不是使用鼠標(biāo)指向并單擊初家。本指南假設(shè)你已經(jīng)從http://www.r-proj...
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第2章 序言
2.1 引用limma Limma執(zhí)行了作者和合作伙伴的一系列方法論研究偎窘。在出版物中使用limma軟件的結(jié)果時乌助，請嘗試引用適當(dāng)?shù)膮⒖嘉墨I(xiàn)，因為引用是作者獲得專業(yè)信譽的主要手段...
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第1章 簡介
limma：微陣列和RNA-Seq數(shù)據(jù)的線性模型用戶手冊 Gordon K. Smyth, Matthew Ritchie, Natalie Thorne, James We...
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自然科普專題收錄與推薦標(biāo)準(zhǔn)請參考: http://www.reibang.com/p/e38bf5116797 如因為一些可改動的問題被拒稿，請在修改后簡信聯(lián)系主編：刷牙喝涼白開仆葡，主編審核后將收錄符合要求的文章赏参；如在了解收錄標(biāo)準(zhǔn)后仍對拒稿有異議，也可簡信聯(lián)系主編沿盅。 《自然科普月刊》將恢復(fù)發(fā)刊把篓，歡迎大家踴躍投稿，投稿可發(fā)鏈接給主編腰涧。 專題長期招募副編韧掩。副編招募信息見下： http://www.reibang.com/p/9d116265ccc1
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