寫(xiě)在前面要讓從基因組中獲取信息變得像喝水那樣簡(jiǎn)單谊路。 --by zhougengxu 預(yù)先準(zhǔn)備 我以水稻基因組為例，像大家介紹如何提取序列抗愁。 基因組文件：水稻基因組，水稻...
IP屬地：北京
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【基因組學(xué)】從基因組中提取基因序列闪幽，一段序列及相應(yīng)的注釋文件
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺(tái)的殷费、極快的追驴，全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流操作系統(tǒng)提供了一種可執(zhí)行的雙元...
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用TBtools副硅，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線(xiàn)性分析與可視化， 贊翅萤！寫(xiě)在前面 對(duì)于沒(méi)有做過(guò)共線(xiàn)性分析的小伙伴恐疲，可以通過(guò)以下幾段內(nèi)容，了解一下断序，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫(huà)出這樣一張圖流纹。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖：synvisio在線(xiàn)工具展示MCScanX共線(xiàn)性分析的結(jié)果synvisio在線(xiàn)工具 鏈接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]之前知道這個(gè)工具，但是沒(méi)有搞懂...
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Call變異？就是召喚啦诸迟！劉小澤寫(xiě)于18.8.10茸炒，補(bǔ)充于18.8.14-15這之間經(jīng)歷了第一期授課結(jié)課，（回中山辦購(gòu)房手續(xù)）遙墻機(jī)場(chǎng)讀了100多頁(yè)生信書(shū)籍阵苇，飛往珠海機(jī)場(chǎng)被臺(tái)風(fēng)滯留（差點(diǎn)回不了中山的家...
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GWAS走起~（2 fastqc壁公、fastp）Step four： 對(duì)從公司送回來(lái)的原始數(shù)據(jù)raw data預(yù)處理，至于問(wèn)什么要進(jìn)行這一步绅项，通俗點(diǎn)講就像是炒菜紊册，直接從地里拔出來(lái)的青菜是不能直接用的，而正規(guī)的程序快耿，至少...
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FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報(bào)告的詳細(xì)解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測(cè)序平臺(tái)編號(hào)，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
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用nextDenovo組裝基因組
背景介紹 NextDenovo是武漢未來(lái)組（現(xiàn)在可能得叫希望組了）開(kāi)發(fā)的用于三代基因組組裝的軟件撞反。想當(dāng)年讀碩士的時(shí)候我還因?yàn)轫?xiàng)目合作的事兒在未來(lái)組呆了好幾個(gè)月來(lái)著妥色。 可用資源...
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共線(xiàn)性分析那些事
今天和大家聊一聊共線(xiàn)性分析。 共線(xiàn)性 共線(xiàn)性研究的是同源基因或者序列的排布關(guān)系遏片，比較常見(jiàn)的是組裝基因組文章中嘹害，通過(guò)同源性比較來(lái)評(píng)估基因組的組裝效果以及同源基因的保留和丟失的情...
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【比較基因組】共線(xiàn)性分析（JCVI）比較基因組學(xué)中，共線(xiàn)性的分析的圖無(wú)疑是很漂亮的吮便。 共線(xiàn)性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件笔呀。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來(lái)做共線(xiàn)性分析，雖然后面有java的包來(lái)支持...
