尋找差異表達的基因并識別它們的功能，是我們進行RNA測序的最主要目的龟梦。很明顯隐锭，這些差異的基因必然與功能改變密切相關，例如计贰，比較患病個體與正常個體的組織表達譜，不難想到這些顯著...
IP屬地：北京
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使用clusterProfiler進行GO豪嗽、KEGG富集分析（有參情況） -
【基因組注釋】ncRNA注釋1. ncRNA 非編碼RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA躁倒，tRNA，snRNA秧秉，snoRNA 和microRNA 等不編碼蛋白質(zhì)的RNA褐桌，它...
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【基因組學】從基因組中提取基因序列象迎，一段序列及相應的注釋文件
寫在前面要讓從基因組中獲取信息變得像喝水那樣簡單荧嵌。 --by zhougengxu 預先準備 我以水稻基因組為例，像大家介紹如何提取序列啦撮。 基因組文件：水稻基因組恋技，水稻...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學習 --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺的逻族、極快的，全面的fasta/q處理工具骄崩。SeqKit為所有的主流操作系統(tǒng)提供了一種可執(zhí)行的雙元...
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用TBtools，快速高效實現(xiàn)基因組共線性分析與可視化拉一， 贊采盒！寫在前面 對于沒有做過共線性分析的小伙伴，可以通過以下幾段內(nèi)容磅氨，了解一下，我為什么要費勁巴拉畫出這樣一張圖嫡纠。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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跟著Nature Communications學作圖：synvisio在線工具展示MCScanX共線性分析的結果synvisio在線工具 鏈接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]之前知道這個工具，但是沒有搞懂...
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Call變異者蠕？就是召喚啦！劉小澤寫于18.8.10踱侣，補充于18.8.14-15這之間經(jīng)歷了第一期授課結課锌杀，（回中山辦購房手續(xù)）遙墻機場讀了100多頁生信書籍，飛往珠海機場被臺風滯留（差點回不了中山的家...
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GWAS走起~（2 fastqc糕再、fastp）Step four： 對從公司送回來的原始數(shù)據(jù)raw data預處理，至于問什么要進行這一步玉转，通俗點講就像是炒菜突想，直接從地里拔出來的青菜是不能直接用的，而正規(guī)的程序，至少...
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FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報告的詳細解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺編號稽荧，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
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用nextDenovo組裝基因組
背景介紹 NextDenovo是武漢未來組（現(xiàn)在可能得叫希望組了）開發(fā)的用于三代基因組組裝的軟件工腋。想當年讀碩士的時候我還因為項目合作的事兒在未來組呆了好幾個月來著姨丈。 可用資源...
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【比較基因組】共線性分析（JCVI）比較基因組學中歼争，共線性的分析的圖無疑是很漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進化關系和多倍化事件渗勘。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來做共線性分析沐绒，雖然后面有java的包來支持...
