可視化使用基因組瀏覽器來(lái)可視化區(qū)域的染色質(zhì)景觀洛退。Integrative Genomic Viewer查看器提供了易于使用的web應(yīng)用程序版本和本地桌面版本甲馋。UCSC基因組瀏覽...
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Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（二） -
bulk轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)（三）bulk轉(zhuǎn)錄組最主要的作用就是根據(jù)基因表達(dá)的變化找到其中蘊(yùn)含的通路機(jī)制常規(guī)的GO和KEGG分析朋其，屬于超幾何富集算法，使用的基因數(shù)據(jù)源是我們根據(jù)實(shí)驗(yàn)組vs對(duì)照組所獲得的差異基因...
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Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（一）
寫在開頭：在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白質(zhì)（轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾等）與染色質(zhì)相互作用的傳統(tǒng)方法，可以分析特定蛋白在整個(gè)基因組上的分布情況电爹。但是由于Ch...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)（二）前面進(jìn)行了上游分析，接下來(lái)將在R中進(jìn)行下游分析料睛。Bulk RNA-seq最主要的下游分析就是進(jìn)行差異基因表達(dá)分析丐箩，所以這一部分只講解標(biāo)準(zhǔn)的下游分析流程。 首先讀入數(shù)據(jù) 進(jìn)行差...
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bulk轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)（一）寫在開頭：在這一個(gè)合集中恤煞，我將詳細(xì)介紹bulk RNA-seq實(shí)際數(shù)據(jù)分析的流程屎勘，有哪些注意的地方以及一些小技巧 首先是獲取測(cè)序數(shù)據(jù)：如果是自己的測(cè)序數(shù)據(jù)，直接從公司給的賬號(hào)...
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一. R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)入門寫在開頭：R提供了各種具有分析數(shù)據(jù)與強(qiáng)大作圖功能的工具包居扒。對(duì)于沒有計(jì)算背景出身的生物學(xué)家來(lái)說(shuō)概漱，相比于各種復(fù)雜的編程語(yǔ)言，如java喜喂、C語(yǔ)言等瓤摧，R語(yǔ)言是非常友好的竿裂，R語(yǔ)言的語(yǔ)法...
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生信實(shí)戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（三）這一部分我將講解awk、grep照弥、sed三個(gè)文本操作的強(qiáng)大利器腻异，三個(gè)命令基本都是以正則表達(dá)式為基礎(chǔ)。在數(shù)據(jù)分析過(guò)程中这揣，我們通常需要提取出符合條件的文本捂掰、修改文本以進(jìn)行后續(xù)分析...
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生信實(shí)戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（二）
前面已經(jīng)介紹了比較基礎(chǔ)Linux命令，在這一部分我將介紹適合多樣本數(shù)據(jù)分析的一些常用的復(fù)雜命令曾沈。 以bulk轉(zhuǎn)錄組為例 接前面，我們使用mamba已經(jīng)成功安裝分析所需的各種包...
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生信實(shí)戰(zhàn)分析中常用的Linux命令（一）
寫在開頭：我曾經(jīng)跟過(guò)各種視頻教程詳細(xì)學(xué)習(xí)Linux的系統(tǒng)使用鸥昏，各位老師講解得也非常詳細(xì)塞俱，但很多內(nèi)容對(duì)于我一個(gè)初學(xué)者來(lái)說(shuō)非常晦澀難懂吏垮，并且很多實(shí)際的測(cè)序數(shù)據(jù)分析過(guò)程也用不到障涯。我...
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