-1.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q索要 請實名播瞳，名字+學校+方向 0. 首先需要獲取基因的相對豐度表椿息，這里可以略參考 宏基因組-(1)基因預測與基因相對豐度[ht...
IP屬地：黑龍江
-
宏基因組 - (2)基于基因相對豐度計算α/β多樣性 -
phyloseq: Explore microbiome profiles using R(2)
在Phyloseq的Tutorials实昨，學習MergeData phyloseq支持包括對兩個完全不同類別的數(shù)據(jù)對象進行合并 將OTUs或樣本合并到一個phyloseq對象中...
-
phyloseq: Explore microbiome profiles using R
最近看了關于介紹phyloseq包的這篇文章延赌，在幫助文檔界面上有從數(shù)據(jù)導入到各種分析的代碼逞泄，對其代碼進行重復肮蛹、學習愕贡，從而更加熟練其代碼，以期將來實戰(zhàn)分析更得心應手贰锁。 1.數(shù)據(jù)...
-
DADA2+Phyloseq分析16S-seq數(shù)據(jù) 2021-06-10一. 16S-seq實驗 所用示例數(shù)據(jù)使用Illumina公司兩步PCR的方法進行擴增： 1st stage PCR, 使用含adaptor的16S rRNA基因的通用引物赃梧，...
-
R包：phyloseq: 擴增子統(tǒng)計分析利器phyloseq: 擴增子統(tǒng)計分析利器 phyloseq包對多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件，并其對這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計分析和可視化方法豌熄。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)分析的主要挑戰(zhàn)之一是如何整合不...
-
R packages：phyloseq（一） 16s 擴增子α多樣性分析α多樣性分析需要沒有經(jīng)過歸一化的數(shù)據(jù) 1.安裝 2.導入文件 查看樣品個數(shù) 查看otu個數(shù) 3.篩選otu 方法1:保留在所有樣本中總序列數(shù)大于100的otu 提取總coun...
-
【RNA-seq自學4】樣品分析之質(zhì)量評估MultiQC及結果分析multiqc可以整合其它軟件的報告的軟件授嘀，能將fastqc生成的多個報告整合成一個報告的軟件，這樣能方便的查看所有測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量房轿。 MultiQC安裝及運行 安裝： con...
-
Greengenes2 2022.10沒錯粤攒，你沒看錯所森，十年后最經(jīng)典的16S數(shù)據(jù)庫--Greengenes數(shù)據(jù)庫更新了，提供了Qiime2兼容插件夯接，分析流程焕济，還將繼續(xù)更新，用起來呀盔几！雖然還沒發(fā)表晴弃，只是上傳在了預印本...
-
16S測序分析（五）用RandomForest尋找關鍵細菌導讀 用隨機森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關的細菌。 一芯丧、數(shù)據(jù)準備 標準化細菌豐度表格式要求：不用放樣本ID芍阎；最后一列放分組變量 二、R分析準備 三缨恒、隨機森林...
-
16S測序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細菌導讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models谴咸，多變量線性回歸模型）功能：相關性分析特點：多表型同時分析，矯正協(xié)變量數(shù)據(jù)輸...
-
16S測序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細菌導讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對豐度表的方法骗露，以及多樣性分析中的基本概念和計算方法岭佳。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
-
16S測序分析（二）菌群多樣性分析導讀 多樣性分析是16S測序分析中常見的分析方法萧锉。本文旨在向初學者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來珊随、概念、計算柿隙，以及展示“如何用R語言實現(xiàn)alpha多樣...
-
16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取導讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結構譜研究最為常用的測序手段叶洞。本文將以此類測序的下機數(shù)據(jù)為例展示“如何從Miseq測序數(shù)據(jù)中快速...
-
微生物16S測序數(shù)據(jù)分析思路解讀
文章摘錄：https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.p...
-
決定用四年的時間記錄自己的成長京办；<br>女孩子也可以努力的很漂亮；<br>喜歡的東西都很貴帆焕，所以要加油呀。<br>VX公共號：學生菌口替代表
-
16S rRNA 流程目錄 - qiime2
QIIME 2不僅可用于處理標記基因分析不恭，而且 在廣泛的用戶和社區(qū)人員參與開發(fā)下叶雹，已經(jīng)產(chǎn)生了很多 可用插件 ，在未來還有更多的插件整合到QIIME 2中换吧，它將成為適應多種微生...
-
微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結：raw data sequence及其注意事項筆記內(nèi)容：拿到原始數(shù)據(jù)后折晦，在做上游分析之前，需要了解和注意的：16s rRNA是什么沾瓦，測它有什么用序列文件(raw sequence data)是怎么來的满着？raw seque...
-
7.7分1區(qū)純生信谦炒，單細胞+WGCNA+百種機器學習，經(jīng)典思路高分頻發(fā)风喇！背景 巨噬細胞在肺腺癌（LUAD）的腫瘤免疫微環(huán)境（TIME）形成和腫瘤進展中起關鍵作用宁改。然而，很少有研究全面系統(tǒng)地描述LUAD中巨噬細胞的特征魂莫。 方法 這項研究利用GSE1...
-
單細胞的細胞注釋要進入AI（GTP-4）時代了嗎还蹲？作者，Evil Genius openAI,格雷格·布羅克曼耙考，據(jù)說是最可能超越馬斯克的人谜喊。 細胞類型標注是單細胞RNA-seq分析的重要步驟。這是一個耗時的過程倦始，通常需要收集...
