-1.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q索要 請實(shí)名壳猜，名字+學(xué)校+方向 0. 首先需要獲取基因的相對豐度表辽故，這里可以略參考 宏基因組-(1)基因預(yù)測與基因相對豐度[ht...
IP屬地：湖北
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宏基因組 - (2)基于基因相對豐度計算α/β多樣性 -
phyloseq: Explore microbiome profiles using R(2)
在Phyloseq的Tutorials立莉，學(xué)習(xí)MergeData phyloseq支持包括對兩個完全不同類別的數(shù)據(jù)對象進(jìn)行合并 將OTUs或樣本合并到一個phyloseq對象中...
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phyloseq: Explore microbiome profiles using R
最近看了關(guān)于介紹phyloseq包的這篇文章姆打，在幫助文檔界面上有從數(shù)據(jù)導(dǎo)入到各種分析的代碼亭病，對其代碼進(jìn)行重復(fù)逻恐、學(xué)習(xí)因悲，從而更加熟練其代碼堕汞，以期將來實(shí)戰(zhàn)分析更得心應(yīng)手。 1.數(shù)據(jù)...
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DADA2+Phyloseq分析16S-seq數(shù)據(jù) 2021-06-10一. 16S-seq實(shí)驗(yàn) 所用示例數(shù)據(jù)使用Illumina公司兩步PCR的方法進(jìn)行擴(kuò)增： 1st stage PCR, 使用含adaptor的16S rRNA基因的通用引物晃琳，...
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R包：phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計分析利器phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計分析利器 phyloseq包對多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件讯检，并其對這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)分析的主要挑戰(zhàn)之一是如何整合不...
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R packages：phyloseq（一） 16s 擴(kuò)增子α多樣性分析α多樣性分析需要沒有經(jīng)過歸一化的數(shù)據(jù) 1.安裝 2.導(dǎo)入文件 查看樣品個數(shù) 查看otu個數(shù) 3.篩選otu 方法1:保留在所有樣本中總序列數(shù)大于100的otu 提取總coun...
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【RNA-seq自學(xué)4】樣品分析之質(zhì)量評估MultiQC及結(jié)果分析multiqc可以整合其它軟件的報告的軟件卫旱，能將fastqc生成的多個報告整合成一個報告的軟件人灼，這樣能方便的查看所有測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。 MultiQC安裝及運(yùn)行 安裝： con...
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Greengenes2 2022.10沒錯顾翼，你沒看錯投放，十年后最經(jīng)典的16S數(shù)據(jù)庫--Greengenes數(shù)據(jù)庫更新了，提供了Qiime2兼容插件适贸，分析流程灸芳，還將繼續(xù)更新涝桅，用起來呀！雖然還沒發(fā)表耗绿，只是上傳在了預(yù)印本...
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16S測序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌。 一晴埂、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID究反；最后一列放分組變量 二、R分析準(zhǔn)備 三儒洛、隨機(jī)森林...
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16S測序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models精耐，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點(diǎn)：多表型同時分析，矯正協(xié)變量數(shù)據(jù)輸...
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16S測序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對豐度表的方法琅锻，以及多樣性分析中的基本概念和計算方法卦停。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
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16S測序分析（二）菌群多樣性分析導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測序分析中常見的分析方法恼蓬。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來惊完、概念、計算处硬，以及展示“如何用R語言實(shí)現(xiàn)alpha多樣...
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16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段小槐。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“如何從Miseq測序數(shù)據(jù)中快速...
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微生物16S測序數(shù)據(jù)分析思路解讀
文章摘錄：https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.p...
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決定用四年的時間記錄自己的成長凿跳；<br>女孩子也可以努力的很漂亮；<br>喜歡的東西都很貴疮方，所以要加油呀控嗜。<br>VX公共號：學(xué)生菌口替代表
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16S rRNA 流程目錄 - qiime2
QIIME 2不僅可用于處理標(biāo)記基因分析，而且 在廣泛的用戶和社區(qū)人員參與開發(fā)下骡显，已經(jīng)產(chǎn)生了很多 可用插件 疆栏，在未來還有更多的插件整合到QIIME 2中，它將成為適應(yīng)多種微生...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：raw data sequence及其注意事項筆記內(nèi)容：拿到原始數(shù)據(jù)后蟆盐，在做上游分析之前承边，需要了解和注意的：16s rRNA是什么，測它有什么用序列文件(raw sequence data)是怎么來的石挂？raw seque...
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7.7分1區(qū)純生信博助，單細(xì)胞+WGCNA+百種機(jī)器學(xué)習(xí)，經(jīng)典思路高分頻發(fā)痹愚！背景 巨噬細(xì)胞在肺腺癌（LUAD）的腫瘤免疫微環(huán)境（TIME）形成和腫瘤進(jìn)展中起關(guān)鍵作用富岳。然而蛔糯，很少有研究全面系統(tǒng)地描述LUAD中巨噬細(xì)胞的特征。 方法 這項研究利用GSE1...
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單細(xì)胞的細(xì)胞注釋要進(jìn)入AI（GTP-4）時代了嗎窖式？作者蚁飒，Evil Genius openAI,格雷格·布羅克曼，據(jù)說是最可能超越馬斯克的人萝喘。 細(xì)胞類型標(biāo)注是單細(xì)胞RNA-seq分析的重要步驟淮逻。這是一個耗時的過程，通常需要收集...
