一、簡介 limma應(yīng)用于RNA-seq數(shù)據(jù)時桥状，read counts被轉(zhuǎn)換為log2-counts-per-million（logCPM）馒胆∑芤桑可以有兩種方式對均值-方差的關(guān)系...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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學(xué)習(xí)limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data -
遺傳學(xué) 博士研究生在讀
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使用limma徘钥、Glimma和edgeR對RNA-seq數(shù)據(jù)分析筆記1 摘要 簡單且高效地分析RNA測序數(shù)據(jù)的能力正是Bioconductor的核心優(yōu)勢之一衔蹲。在獲得RNA-seq基因表達(dá)矩陣后，通常需要對數(shù)據(jù)進行預(yù)處理呈础、探索性數(shù)據(jù)分析舆驶、差異表...
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DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構(gòu)建DESeqDataSet對象 se為RangedSummarizedExperiment對象...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法
TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client巨税，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲單個病人表達(dá)數(shù)據(jù)，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲樣本文件的...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client粉臊，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲單個病人表達(dá)數(shù)據(jù)草添，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲樣本文件的...
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STRING數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)分析在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中远寸，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（protein protein interaction network抄淑，PPI network）。具體而言驰后，...
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R語言實現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)——PPI可以用網(wǎng)頁版做倡怎，但有上限2000個基因的限制迅耘。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波贱枣。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 2. 下載Uniprot ID轉(zhuǎn)換文件 打開...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw纽哥，本人稍作修改钠乏，原文是針對小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝蟠核芏鄷r候...
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他數(shù)據(jù)矯正方法原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題，說感覺這個熱圖很詭異吼句，然后中間我自己沒有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量锅必，對于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識，導(dǎo)致一開始的deg的logFC都沒有達(dá)到正負(fù)1的惕艳，最重要...
