一蛉艾、簡(jiǎn)介 limma應(yīng)用于RNA-seq數(shù)據(jù)時(shí)独泞，read counts被轉(zhuǎn)換為log2-counts-per-million（logCPM）〉Ｆ耍可以有兩種方式對(duì)均值-方差的關(guān)系...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河北
-
學(xué)習(xí)limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data -
遺傳學(xué) 博士研究生在讀
-
學(xué)習(xí)單細(xì)胞測(cè)序
-
使用limma俏橘、Glimma和edgeR對(duì)RNA-seq數(shù)據(jù)分析筆記1 摘要 簡(jiǎn)單且高效地分析RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的能力正是Bioconductor的核心優(yōu)勢(shì)之一允华。在獲得RNA-seq基因表達(dá)矩陣后，通常需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理寥掐、探索性數(shù)據(jù)分析靴寂、差異表...
-
DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 （1）從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
-
好文章，值得分享衫贬！
TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法
TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client德澈，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù)，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲(chǔ)樣本文件的...
-
TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client固惯，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù)梆造，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲(chǔ)樣本文件的...
-
STRING數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)分析在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中镇辉，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（protein protein interaction network，PPI network）供常。具體而言摊聋，...
-
-
R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)——PPI可以用網(wǎng)頁(yè)版做麻裁，但有上限2000個(gè)基因的限制。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波源祈。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 2. 下載Uniprot ID轉(zhuǎn)換文件 打開...
-
本號(hào)停更
-
利用R語(yǔ)言作PPI（免String網(wǎng)頁(yè)和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來(lái)自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw香缺，本人稍作修改手销，原文是針對(duì)小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝笸颊牛芏鄷r(shí)候...
-
limma 包的normalizeBetweenArrays和其他數(shù)據(jù)矯正方法原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
-
GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題侥钳，說(shuō)感覺(jué)這個(gè)熱圖很詭異，然后中間我自己沒(méi)有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量柄错，對(duì)于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識(shí)舷夺，導(dǎo)致一開始的deg的logFC都沒(méi)有達(dá)到正負(fù)1的，最重要...
