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2021-03-15 DepMap數(shù)據(jù)庫偶然發(fā)現(xiàn)了這個神奇的網(wǎng)站（https://depmap.org/portal/）喂急，對于實(shí)驗(yàn)狗的我而言缰贝，想想以前走的各種彎路肥印，頓感相見恨晚按袢蕖列牺！廢話少敘困肩，直接來看看這個DepM...
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PSI-BLAST 輸出MSA與fasta
PSI-BLAST(Position-Specific Iterative Basic Local Alignment Search Tool)是blastp的一種划纽，用于發(fā)現(xiàn)...
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GEO下載失敗的替代措施
今天嘗試下載GSE41271這個數(shù)據(jù)集勇劣，但是getGEO之后一直沒有反應(yīng)，因此找了個別的辦法潭枣，嘗試了一下比默。 這樣就把表達(dá)矩陣下載下來了，但是注釋信息還得想想辦法卸耘。如果還是從g...
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樣本相關(guān)性分析退敦，樣本聚類分析
基因課FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%...
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R包VennDiagram的韋恩圖繪制及交集元素的提取韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計圖之一翰铡，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）钝域。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑒定差異表達(dá)的基因锭魔。當(dāng)試驗(yàn)涉及到...
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生信＋實(shí)驗(yàn)：最全單基因研究套路總結(jié)
隨著測序技術(shù)的發(fā)展例证，每年測序數(shù)據(jù)量以PB級增長。隨著海量測序數(shù)據(jù)的增長迷捧，越來越多的研究人員開始挖掘公共數(shù)據(jù)庫中的測序數(shù)據(jù)的意義织咧。已有很多研究表明胀葱，某個基因可能參與了某種腫瘤的...
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TCGA數(shù)據(jù)整合后進(jìn)行DESeq2差異表達(dá)分析和基于R的多種可視化測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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R語言學(xué)習(xí)--取整運(yùn)算抵屿、有效小數(shù)、有效數(shù)字
取整運(yùn)算：通俗點(diǎn)講就是將一個小數(shù)（浮點(diǎn)數(shù)）轉(zhuǎn)化成整數(shù)捅位。比如轧葛，我們可以將3.42轉(zhuǎn)化為3或者4。 有效小數(shù)：將一個小數(shù)近似為小數(shù)位特定的小數(shù)艇搀。比如尿扯，將3.1415926轉(zhuǎn)化為兩...
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試圖厘清熱圖相關(guān)的一些細(xì)節(jié)森嚴(yán)森語： 生活中很多時候我都習(xí)慣于不知所以而為之，其結(jié)果通常壞焰雕。原因在于經(jīng)常的盲目自信和偶爾不愿承認(rèn)自己的無知衷笋。 上篇推文介紹了利用Origin繪制熱圖的方法，推文一經(jīng)發(fā)出...
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apply函數(shù)族①apply函數(shù)的基本使用方法 apply函數(shù)無法應(yīng)用于列表淀散。 ②計算df里每一列的均值右莱，方差蚜锨，最大值（for函數(shù)方法） ③計算df里每一列的均值档插，方差，最大值（apply方...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖亚再、分組/分面柱狀圖郭膛、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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TCGA差異分析|2.DESeq2DESeq2真狠，TCGA-PRAD數(shù)據(jù)差異分析用了半個小時氛悬，而且還是多線程则剃。這速度也沒啥提升呀 聲明：本文僅供學(xué)習(xí)交流用，禁止用于商業(yè)用途如捅，如有侵權(quán)棍现，請聯(lián)系刪除。參考鏈接：...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘--去掉重復(fù)基因
去重 按symbol列去重镜遣，常見標(biāo)準(zhǔn)有3個：最大值/平均值/隨機(jī)去重 方法1.隨機(jī)去重 方法2.求平均值
