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發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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2021-03-15 DepMap數(shù)據(jù)庫(kù)偶然發(fā)現(xiàn)了這個(gè)神奇的網(wǎng)站（https://depmap.org/portal/）匹厘，對(duì)于實(shí)驗(yàn)狗的我而言斑唬，想想以前走的各種彎路粪般，頓感相見恨晚俺⒍摺频蛔！廢話少敘仰禀，直接來(lái)看看這個(gè)DepM...
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PSI-BLAST 輸出MSA與fasta
PSI-BLAST(Position-Specific Iterative Basic Local Alignment Search Tool)是blastp的一種照雁，用于發(fā)現(xiàn)...
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GEO下載失敗的替代措施
今天嘗試下載GSE41271這個(gè)數(shù)據(jù)集饺蚊，但是getGEO之后一直沒有反應(yīng)，因此找了個(gè)別的辦法悬嗓，嘗試了一下污呼。 這樣就把表達(dá)矩陣下載下來(lái)了，但是注釋信息還得想想辦法包竹。如果還是從g...
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樣本相關(guān)性分析燕酷，樣本聚類分析
基因課FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%...
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R包VennDiagram的韋恩圖繪制及交集元素的提取韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計(jì)圖之一，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）酱讶。 例如做RNA-seq的最直接目的退盯，大多是鑒定差異表達(dá)的基因。當(dāng)試驗(yàn)涉及到...
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生信＋實(shí)驗(yàn)：最全單基因研究套路總結(jié)
隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展泻肯，每年測(cè)序數(shù)據(jù)量以PB級(jí)增長(zhǎng)渊迁。隨著海量測(cè)序數(shù)據(jù)的增長(zhǎng)，越來(lái)越多的研究人員開始挖掘公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的測(cè)序數(shù)據(jù)的意義灶挟。已有很多研究表明琉朽，某個(gè)基因可能參與了某種腫瘤的...
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TCGA數(shù)據(jù)整合后進(jìn)行DESeq2差異表達(dá)分析和基于R的多種可視化測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)--取整運(yùn)算漓骚、有效小數(shù)、有效數(shù)字
取整運(yùn)算：通俗點(diǎn)講就是將一個(gè)小數(shù)（浮點(diǎn)數(shù)）轉(zhuǎn)化成整數(shù)榛泛。比如蝌蹂，我們可以將3.42轉(zhuǎn)化為3或者4。 有效小數(shù)：將一個(gè)小數(shù)近似為小數(shù)位特定的小數(shù)曹锨。比如孤个，將3.1415926轉(zhuǎn)化為兩...
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試圖厘清熱圖相關(guān)的一些細(xì)節(jié)森嚴(yán)森語(yǔ)： 生活中很多時(shí)候我都習(xí)慣于不知所以而為之，其結(jié)果通常壞沛简。原因在于經(jīng)常的盲目自信和偶爾不愿承認(rèn)自己的無(wú)知齐鲤。 上篇推文介紹了利用Origin繪制熱圖的方法，推文一經(jīng)發(fā)出...
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apply函數(shù)族①apply函數(shù)的基本使用方法 apply函數(shù)無(wú)法應(yīng)用于列表椒楣。 ②計(jì)算df里每一列的均值给郊，方差，最大值（for函數(shù)方法） ③計(jì)算df里每一列的均值捧灰，方差淆九，最大值（apply方...
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單/多個(gè)基因在組間同時(shí)展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖毛俏、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個(gè)實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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TCGA差異分析|2.DESeq2DESeq2真狠炭庙，TCGA-PRAD數(shù)據(jù)差異分析用了半個(gè)小時(shí)，而且還是多線程煌寇。這速度也沒啥提升呀 聲明：本文僅供學(xué)習(xí)交流用焕蹄，禁止用于商業(yè)用途，如有侵權(quán)阀溶，請(qǐng)聯(lián)系刪除腻脏。參考鏈接：...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘--去掉重復(fù)基因
去重 按symbol列去重鸦泳，常見標(biāo)準(zhǔn)有3個(gè)：最大值/平均值/隨機(jī)去重 方法1.隨機(jī)去重 方法2.求平均值
