TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client温兼，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲單個病人表達(dá)數(shù)據(jù)丰捷，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲樣本文件的...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法 -
snakemake 應(yīng)用介紹
接觸到一個生信分析項目痪伦，作者基于snakemake 串起了17個用python 腳本編寫的分析流程侄榴。自己在搭建的Linux 環(huán)境下，測試了這些腳本网沾。此文簡要介紹snakema...
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HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析辉哥。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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擴(kuò)增子和宏基因組分析實(shí)用指南 | 微生物組研究
高通量測序技術(shù)和分析方法的發(fā)展為微生物組研究提供了新見解桦山。然而，這些新的發(fā)展讓研究人員（特別是沒有生物信息背景的研究人員）在選擇合適的分析軟件/腳本上面臨挑戰(zhàn)醋旦。 來自中國科學(xué)...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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【單細(xì)胞入門必讀】單細(xì)胞RNA-seq技術(shù)和數(shù)據(jù)分析簡介
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 單細(xì)胞RNA測序(scRNA...
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R語言 矩陣批量替換殺殺 最近學(xué)了幾個矩陣批量替換的陽間方法恒水，拒絕for循環(huán)！ 應(yīng)用：數(shù)據(jù)格式的標(biāo)準(zhǔn)化 我們在處理臨床隨訪文件時浑度，醫(yī)生們通常會這樣記錄： 但是我們?nèi)绻M(jìn)行生存分析或者風(fēng)險分析或...
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count/tpm/fpkm之間的轉(zhuǎn)化
總結(jié)好的轉(zhuǎn)化編碼拿去使用[https://haroldpimentel.wordpress.com/2014/05/08/what-the-fpkm-a-review-rna...
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免疫組庫數(shù)據(jù)分析1-scRepertoire免疫組庫基礎(chǔ)知識見：單細(xì)胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測序建庫方法[http://www.reibang.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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單細(xì)胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測序建庫方法單細(xì)胞測序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART寇窑、TargetAmp和10X genomics[http://www.reibang.com/p/6c5d...
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Q：ArrayExpress包常用函數(shù)及分析甩骏？GEO數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的R包是GEOquery，強(qiáng)大的ArrayExpress數(shù)據(jù)庫也有對應(yīng)的R包——ArrayExpress先慷∫眩可以通過其訪問ArrayExpress數(shù)據(jù)庫，并構(gòu)建...
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ggplot2可視化經(jīng)典案例(4) 之云雨圖之前分享過云雨圖的小例子论熙，現(xiàn)在分析一個進(jìn)階版的云雨圖福青，喜歡的小伙伴可以關(guān)注個人公眾號R語言數(shù)據(jù)分析指南持續(xù)分享更多優(yōu)質(zhì)案例，在此先行拜謝了ＥЧ睢无午！ 加載R包 設(shè)置主題 加載數(shù)據(jù) ...
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基因家族分析(1) 基因家族成員的鑒定
最近有小伙伴問為怎么多快好省的發(fā)個論文順利畢業(yè)，作為生物圈里的當(dāng)事人當(dāng)然推薦基因家族分析了祝谚，于是乎準(zhǔn)備整理這一系列文檔宪迟。在本文檔中我主要側(cè)重于后續(xù)的數(shù)據(jù)可視化，因為物種不同數(shù)...
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公眾號 R語言數(shù)據(jù)分析指南穿仪，歡迎大家關(guān)注
