熊貓_269c

TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client浴骂，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù)裂明，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲(chǔ)樣本文件的...

熊貓_269c

導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析雷绢。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...

熊貓_269c

高通量測(cè)序技術(shù)和分析方法的發(fā)展為微生物組研究提供了新見(jiàn)解。然而理卑，這些新的發(fā)展讓研究人員（特別是沒(méi)有生物信息背景的研究人員）在選擇合適的分析軟件/腳本上面臨挑戰(zhàn)翘紊。 來(lái)自中國(guó)科學(xué)...

熊貓_269c

熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶(hù)名賬戶(hù)密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶(hù)名：u3276 密碼：genek.tv（建議...

熊貓_269c

殺殺 最近學(xué)了幾個(gè)矩陣批量替換的陽(yáng)間方法，拒絕for循環(huán)藐唠！ 應(yīng)用：數(shù)據(jù)格式的標(biāo)準(zhǔn)化 我們?cè)谔幚砼R床隨訪文件時(shí)帆疟，醫(yī)生們通常會(huì)這樣記錄： 但是我們?nèi)绻M(jìn)行生存分析或者風(fēng)險(xiǎn)分析或...

熊貓_269c

免疫組庫(kù)基礎(chǔ)知識(shí)見(jiàn)：?jiǎn)渭?xì)胞免疫組庫(kù)：TCR基因重排原理和TCR測(cè)序建庫(kù)方法[http://www.reibang.com/p/c4896ffadc46] scReperto...

熊貓_269c

單細(xì)胞測(cè)序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.reibang.com/p/6c5d...

熊貓_269c

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)的R包是GEOquery妈嘹，強(qiáng)大的ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)也有對(duì)應(yīng)的R包——ArrayExpress柳琢。可以通過(guò)其訪問(wèn)ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)润脸，并構(gòu)建...

熊貓_269c

之前分享過(guò)云雨圖的小例子柬脸，現(xiàn)在分析一個(gè)進(jìn)階版的云雨圖，喜歡的小伙伴可以關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南持續(xù)分享更多優(yōu)質(zhì)案例毙驯，在此先行拜謝了５苟椤！ 加載R包 設(shè)置主題 加載數(shù)據(jù) ...