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一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling咽斧,以及counts矩陣的關系堪置,本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
寫在前面:今天突然想寫這個教程,花了一下午看資料张惹,其實我前面是有一些基礎的舀锨,但是看的還是會很亂,所以想把這個包的脈絡寫一下宛逗,希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
關鍵詞 批次效應 批次校正 單細胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細胞數(shù)據(jù)由于實驗平臺或樣本等原因會造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應雷激,這種批次效應是人為因素造成的替蔬,沒有實際的生物學意義,...
17. tSNE圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設置工作目錄 查看示例數(shù)據(jù) 使用tsne包進行tSNE降維可視化分析 使用Rtsne包進行tSNE降維可視化分析
前段時間屎暇,一個單細胞分析同行提問承桥,發(fā)現(xiàn)AverageExpression()和通過aggregate計算得到的基因表達均值,兩者的結果是不一樣的根悼,疑惑問題出在哪里凶异。 這個問題...