單細(xì)胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.reibang.com/p/98fc6c80c216] 為避免造成環(huán)境污染撇他，建議使用conda創(chuàng)建隔離環(huán)境進(jìn)行...
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單細(xì)胞測序上游分析-從原始數(shù)據(jù)到cellranger定量 -
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯蛉腌，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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【ProteoWizard MSConvert】質(zhì)譜文件格式簡介及其轉(zhuǎn)換質(zhì)譜格式 質(zhì)譜文件格式多種多樣官份，各儀器廠商產(chǎn)出的數(shù)據(jù)都有不同。雖然HUPO已經(jīng)對質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化烙丛，但大家依然是我行我素舅巷，因?yàn)椴坏貌挥盟鼈兲峁┑能浖煌能浖蟛煌?..
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RNAseq-踩坑03 -- 差異分析 要用 read_countCOUNT: 高通量測序中比對到exon上的reads數(shù)河咽。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
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RNAseq分析如何選擇 參考基因組 和 gtf
轉(zhuǎn)自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ[https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCr...
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對歡迎來GitHub上fork钠右，一起進(jìn)步： https://github.com/xuzhougeng 比對軟件很多，首先大家去收集一下忘蟹，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T飒房，請統(tǒng)一用hisa...
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RNA-seq(5):序列比對：Hisat2比對軟件很多，首先大家去收集一下寒瓦，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T情屹，請統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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使用trim_galore對數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制-過濾寫在前面參考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]參考2[http://www.reibang.com...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示凌摄。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的漓帅。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時锨亏，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
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Genrich：ATAC-seq,ChIP-seq 差異富集peak calling分析工具教程
Genrich介紹 Genrich 是一個用于從高通量測序數(shù)據(jù)中識別基因組區(qū)域的顯著富集（即peak calling）的生物信息學(xué)工具捐迫。它主要用于處理ChIP-seq（染色質(zhì)...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具肪笋，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)巧婶，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來蚜迅，后續(xù)持續(xù)更新廊敌。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
