擬時(shí)序（pseudotime）分析讥此，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析情竹，根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況通過擬時(shí)分析可以來推斷發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記5: 擬時(shí)序分析（monocle2) -
CibersortX的替代者BayesPrism用單細(xì)胞數(shù)據(jù)去卷積得到普通轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類型比例CibersortX網(wǎng)站是常用的工具顽素，但是是網(wǎng)頁上傳數(shù)據(jù)粱胜，現(xiàn)在網(wǎng)頁503打不開飒硅，而BayesPrism在PMID: 37717006[https://pubmed.ncbi....
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最新7+生信三娩，從單細(xì)胞出發(fā)庵芭，結(jié)合腫瘤分型并建模，確定基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證影響因子：7.3 研究概述：作為最致命的乳腺癌亞型雀监，三陰性乳腺癌（TNBC）是一種侵襲性極強(qiáng)的內(nèi)分泌惡性腫瘤喳挑，復(fù)發(fā)率和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移率都很高。盡管化療和新輔助免疫療法在改善患者預(yù)后...
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生存分析（二）-- Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型（Cox proportional-hazards model）翻譯自：http://www.sthda.com/english/wiki/cox-proportional-hazards-model[http://www.sthda.c...
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這個(gè)世界流行離開版扩，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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單細(xì)胞/空間組利用scanpy實(shí)現(xiàn)Seurat的splitby分頁繪圖在使用Seurat時(shí)，經(jīng)常需要對(duì)不同分類的樣本在同一畫布上進(jìn)行可視化侄泽，可以非常方便地通過其DimPlot()函數(shù)的goupyby和spliby等參數(shù)實(shí)現(xiàn)礁芦，例如對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組，...
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將R環(huán)境下的Seurat RDS格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成為到python環(huán)境下scanpy的anndata格式
無論是單細(xì)胞悼尾、空間組還是ATAC的數(shù)據(jù)柿扣，有時(shí)由于下游分析的需求或可視化的需求，同時(shí)由于python的運(yùn)算速度的優(yōu)勢(shì)闺魏，目前越來越多單細(xì)胞分析的工具開始在python環(huán)境下開發(fā)（...
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R加載包SeuratData出現(xiàn)invalid multibyte string, element 1報(bào)錯(cuò)
在加載包SeuratData是遇到了以下報(bào)錯(cuò)： 重裝還是不解決問題未状，之前使用也沒有出現(xiàn)過報(bào)錯(cuò)。 檢測(cè).libPaths()路徑也是沒有問題的析桥，所以有可能為內(nèi)碼沖突問題 在操作...
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Linux集群下安裝Seurat/SeuratObject/rgeos出現(xiàn)configure: error: geos-config not found or not executable報(bào)錯(cuò)
1.報(bào)錯(cuò) 在安裝Seurat會(huì)出現(xiàn)如下核心報(bào)錯(cuò)： 2.原因 嘗試手動(dòng)下載解壓安裝rgeos司草、從Github上安裝Seurat、修改鏡像泡仗，都不解決問題埋虹，因?yàn)橹静皇窍螺d的錯(cuò)誤...
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R稀疏矩陣轉(zhuǎn)化稠密矩陣|使用as.matrix()報(bào)錯(cuò)：Cholmod error 'problem too large'
在進(jìn)行一些數(shù)據(jù)分析是經(jīng)常會(huì)需要將一個(gè)數(shù)據(jù)對(duì)象轉(zhuǎn)化為矩陣，以及稀疏矩陣（sparse matrix）和稠密矩陣之間的互化沮焕。 問題&報(bào)錯(cuò) 在R環(huán)境中吨岭，用的非常普遍的函數(shù)就是as....
