發(fā)簡信
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R 進階cheat sheet一赖欣、數(shù)據(jù)框切片 去掉數(shù)據(jù)框具體某一列一階：切片屑彻，不要那個就負號去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]顶吮。顯然如果數(shù)據(jù)框比較大社牲，又是中間的項，就...
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大數(shù)據(jù)量單細胞數(shù)據(jù)處理方式
單細胞數(shù)據(jù)爆發(fā)悴了，現(xiàn)在細胞數(shù)據(jù)隨便就是萬和百萬級別搏恤，除了有許多專門開發(fā)出來快速處理百萬級的工具包（例如Cumulus等）和down sample的...
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Seurat 報錯記錄
bug千千萬，改完又忘湃交，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們 1. FindVariableFeatures()報錯 這...
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提取基因組fasta與比對bam/sam文件序列二代熟空、三代測序被廣泛應(yīng)用，組學(xué)數(shù)據(jù)爆發(fā)巡揍，經(jīng)常會遇到需要可視化比對效果的情況痛阻，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等，但...
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pyscenic生成auc.loom文件卻缺失regulon信息pyscenic在通過loom文件讀入單細胞數(shù)據(jù)運行腮敌，最后會生成所有的文件阱当，包括最后一步AUCell的結(jié)果，但是實際提取時會發(fā)現(xiàn)regulon信...
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pyscenic的結(jié)果不可重復(fù)一糜工、pyscenic的結(jié)果不可重復(fù) 最近在運行pyscenic的結(jié)果的時候發(fā)現(xiàn)了兩次相同參數(shù)相同數(shù)據(jù)的結(jié)果存在不一致弊添，回溯發(fā)現(xiàn)scenic的第一...
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conda默認的cache緩存文件重定向
1. 問題 當使用conda安裝包時，搭建輪子會默認使用home目錄下的存儲捌木，但是有時候一次性安裝的包比較多油坝，home目錄又小得可憐就會遇到如下...
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sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()scanpy的標準化從sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total()，它官方也是建議...
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scanpy文件讀取h5ad的一個BUG
BUG 當正常使用anndata或者scanpy讀入數(shù)據(jù)的時候，如下 常規(guī)操作澈圈，數(shù)據(jù)可能也是自己用anndata儲存的彬檀，但是讀入馬上會出現(xiàn)一段非...