單細(xì)胞測序?qū)W習(xí)
IP屬地：寧夏
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DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構(gòu)建DESeqDataSet對象 se為RangedSummarizedExperiment對象...
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使用Garnett包進行單細(xì)胞類型分類注釋分析（一）：Train cell type classifiers
image Garnett包簡介 Garnett是一個根據(jù)單細(xì)胞表達數(shù)據(jù)自動進行細(xì)胞類型分類注釋的R包纳猪。Garnett使用單細(xì)胞表達數(shù)據(jù)和細(xì)胞類型定義（marker）文件翼悴，訓(xùn)...
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生物數(shù)據(jù)格式 - SAM/BAM格式 sam文件是短序列比對生成的文件闷祥，是二代測序中最核心的文件。在RNAseq傲诵，變異檢測等分析中凯砍，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二進制格式拴竹，轉(zhuǎn)換為二...
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2019-08-06 sam格式文件解讀
本文鏈接：https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972 第二章：生物信息分析 第一節(jié)：解讀sam格...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-6-得到表達矩陣后看內(nèi)部異質(zhì)性轉(zhuǎn)載來自：劉小澤 鏈接：http://www.reibang.com/p/e659a2f164f7[http://www.reibang.com/p/e659a2f164...
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R批量讀取悟衩、處理及寫出文件
在對同一路徑下多個文件做相同處理時，可以循環(huán)讀取文件夾中的文件殖熟，批量讀取局待，處理和寫入文件，會大大提高工作效率菱属，在R語言中钳榨，處理方法如下所示。 1.批量讀取文件 2.批量處理文...
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談?wù)勣D(zhuǎn)錄組測序基礎(chǔ)知識及常見問題轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)纽门，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科薛耻，從RNA水平研究基因的表達情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速...
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利用salmon進行轉(zhuǎn)錄組定量(中) --R包下載--2019-05-14
時隔一周赏陵，再次挑戰(zhàn)：：：之前一直沒有裝上DESeq2饼齿、airway、tximportData 和 tximport一直報錯因此首先安裝 今日份開心蝙搔，缕溉，R包都安裝完成參考：劉曉...
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我們一起學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
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快速計算基因表達軟件：Salmon我們常見的轉(zhuǎn)錄組表達分析一般都是將reads比對至參考基因組或者轉(zhuǎn)錄組上证鸥，然后在基因或者轉(zhuǎn)錄本水平上定量表達豐度。 但最近在做小RNA分析時卻遇到了沒有參考基因組注釋文件（g...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后，連車尾燈都看不見枉层。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時泉褐，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序鸟蜡，顧...
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寫給工程師的 Ubuntu 20.04 最佳配置指南最近 Ubuntu 發(fā)布了 20.04 LTS 版本跳座，我也在第一時間安裝體驗。由于各種 Linux 發(fā)行版本并不像 MacOS癌淮、Windows 一樣開箱即用躺坟，因此需要做很多配...
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基于極光海量數(shù)據(jù)資源产舞，面向移動互聯(lián)網(wǎng)及新經(jīng)濟生態(tài)魂奥，向各個垂直行業(yè)提供最新最多維度的數(shù)據(jù)。及時易猫、準(zhǔn)確反映行業(yè)現(xiàn)狀與變化趨勢耻煤，助力企業(yè)洞察先機。<br><br>官網(wǎng)：<a href="http://www.jiguang.cn" rel="nofollow" target="_blank">http://www.jiguang.cn</a> <br>微信公眾號：lovejpush<br><br>歡迎關(guān)注簡書號——極小光（極光開發(fā)者旗下媒體）<br><a href="http://www.reibang.com/u/644fb0e0b9e1" rel="nofollow" target="_blank">http://www.reibang.com/u/644fb0e0b9e1</a><br>
